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- PDB-2dzy: Crystal structure of N392A mutant of yeast bleomycin hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dzy
タイトルCrystal structure of N392A mutant of yeast bleomycin hydrolase
要素Cysteine proteinase 1
キーワードHYDROLASE / bleomycin hydrolase / thiol protease / C1 protease / buried water
機能・相同性
機能・相同性情報


bleomycin hydrolase / cysteine-type aminopeptidase activity / homocysteine catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / aminopeptidase activity / cysteine-type peptidase activity / response to toxic substance / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...bleomycin hydrolase / cysteine-type aminopeptidase activity / homocysteine catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / aminopeptidase activity / cysteine-type peptidase activity / response to toxic substance / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to antibiotic / cysteine-type endopeptidase activity / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1B, bleomycin hydrolase / Peptidase C1-like family / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine proteinase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者O'Farrell, P.A. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: Mutagenesis and crystallographic studies of the catalytic residues of the papain family protease bleomycin hydrolase: new insights into active-site structure
著者: O'Farrell, P.A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2006年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine proteinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3841
ポリマ－52,3841
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Cysteine proteinase 1
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,3026
ポリマ－314,3026
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area33750 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area102770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.027, 151.027, 89.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Cysteine proteinase 1 / Y3 / Bleomycin hydrolase / BLM hydrolase


分子量: 52383.633 Da / 分子数: 1 / 変異: N392A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01532, bleomycin hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 14-20% PEG 4K,100mM Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 19700 / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: 1gcb

1gcb


解像度: 2.57→43.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 242380.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 940 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.202 19270 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.2076 Å2 / ksol: 0.320494 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å24.75 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 0 187 3873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 178 5.8 %
Rwork0.206 2885 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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