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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dze | ||||||
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タイトル | Crystal structure of histone chaperone Asf1 in complex with a C-terminus of histone H3 | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / Immunoglobulin fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / nucleolar peripheral inclusion body / Oxidative Stress Induced Senescence / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Estrogen-dependent gene expression / H3-H4 histone complex chaperone activity / RNA Polymerase I Promoter Escape ...Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / nucleolar peripheral inclusion body / Oxidative Stress Induced Senescence / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Estrogen-dependent gene expression / H3-H4 histone complex chaperone activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / mating-type region heterochromatin / heterochromatin boundary formation / mitotic sister chromatid biorientation / histone chaperone activity / chromosome, subtelomeric region / chromatin-protein adaptor activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / heterochromatin / pericentric heterochromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Padmanabhan, B. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of histone chaperone Asf1 in complex with a C-terminus of histone H3 著者: Padmanabhan, B. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dze.cif.gz | 83.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dze.ent.gz | 61.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dze.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/2dze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/2dze | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2cu9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18347.934 Da / 分子数: 2 / 断片: N-termianl region, residues 1-162 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: cia1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74515 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1290.582 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal H3 peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: P09988 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG6000, AS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 41187 / Num. obs: 38738 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Num. unique all: 3746 / % possible all: 91.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 2CU9 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.63 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
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