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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dyc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of mouse galectin-4 | ||||||
![]() | Galectin-4 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / GAL-BIND LECTIN / GALECTIN / SUGAR BINDING / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibacterial peptide biosynthetic process / galactoside binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / defense response to bacterium / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kato-Murayama, M. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of mouse galectin-4 著者: Kato-Murayama, M. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18149.283 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 9-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4M Ammonium Sulfate, 12% Glycerol, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月7日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 11598 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 17.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rsym value: 0.363 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.2163 Å2 / ksol: 0.37361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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