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- PDB-2dyb: The crystal structure of human p40(phox) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dyb
タイトルThe crystal structure of human p40(phox)
要素Neutrophil cytosol factor 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / p40(phox) / NADPH oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases ...superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / RAC1 GTPase cycle / VEGFA-VEGFR2 Pathway / endosome membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neutrophil cytosol factor P40 / Neutrophil cytosol factor P40, PB1 domain / Neutrophil cytosol factor 4, PX domain / Neutrophil cytosol factor P40, SH3 domain / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain ...Neutrophil cytosol factor P40 / Neutrophil cytosol factor P40, PB1 domain / Neutrophil cytosol factor 4, PX domain / Neutrophil cytosol factor P40, SH3 domain / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3 Domains / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / Ubiquitin-like (UB roll) / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil cytosol factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Honbou, K.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Full-length p40phox structure suggests a basis for regulation mechanism of its membrane binding.
著者: Honbou, K. / Minakami, R. / Yuzawa, S. / Takeya, R. / Suzuki, N.N. / Kamakura, S. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2006年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil cytosol factor 4
B: Neutrophil cytosol factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6622
ポリマ－78,6622
非ポリマー00
水00
1
A: Neutrophil cytosol factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3311
ポリマ－39,3311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil cytosol factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3311
ポリマ－39,3311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.273, 189.813, 79.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil cytosol factor 4 / NCF-4 / Neutrophil NADPH oxidase factor 4 / p40-phox / p40phox


分子量: 39330.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pProEX HTb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15080

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5% PEG 20000, 200mM Bis-tris-HCl, 10mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 22612 / Num. obs: 22612 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6H, 1W6X, and 1OEY

1h6h

1w6x

1oey


解像度: 3.15→40.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 231491.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1912 10 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.263 19197 97.7 %-
all-21840 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.0898 Å2 / ksol: 0.303304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å20 Å2
2---22.61 Å20 Å2
3---21.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4252 0 0 0 4252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 350 11.5 %
Rwork0.353 2684 -
obs--93.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein2.param / Topol file: protein2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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