PDB-2dxn: Glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dxn

タイトル

Glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes

要素

Phosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / domain-swapping / beta-sheet extension / metalloenzyme / disulfide / alpha/beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerophosphodiester phosphodiesterase / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / glycerol metabolic process / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Ollis, D.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure and function of a novel glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes
著者: Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Liu, J.W. / Watt, S.J. / Beck, J.L. / Ollis, D.L.

履歴

登録	2006年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dxn.cif.gz	113.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dxn.ent.gz	94.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dxn_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dxn_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	2dxn_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	2dxn_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/2dxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/2dxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dxlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d03-d 2dxl-1 2zo9-1 2zoa-1 3mpj-1 1buc-1 3mpi-2 2jbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.274, 164.274, 164.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Phosphohydrolase / GpdQ 分子量: 30830.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア) 遺伝子: GpdQ / プラスミド: pCY76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: Q6XBH1, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9M Na Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28269 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28269 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 32293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 77.2 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 11.2 % / Num. unique all: 5342 / R_sym value: 0.436 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.92→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 17.302 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19495	1632	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16201	-	-	-
obs	0.16365	30501	99.64 %	-
all	-	32828	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	4	82	4354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.95	5989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.136	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.043	23.953	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.074	15	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.202	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.529	1.5	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.802	2	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.492	3	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.344	4.5	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.922→2.997 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	110	-
R_work	0.221	2231	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5076	0.6487	-0.2355	1.0118	-0.3311	2.401	-0.1343	-0.0434	-0.1548	-0.1728	0.1904	-0.3317	-0.4731	0.4066	-0.0561	-0.0157	-0.1525	0.2475	-0.1759	-0.0523	-0.0088	46.217	33.348	7.879
2	2.103	0.9833	-0.8403	0.968	0.3436	2.6197	-0.2183	0.2384	-0.3373	-0.292	0.24	-0.2204	-0.5108	0.0105	-0.0217	0.0934	-0.0874	0.2768	-0.2171	-0.022	-0.0648	35.175	28.024	1.515
3	5.6692	0.1354	2.5294	0.6102	1.769	7.4423	-0.1344	0.5332	-0.8115	-0.6694	0.409	-0.2635	0.1133	0.8115	-0.2746	-0.111	0.0415	0.1773	-0.2404	0.0657	0.0408	24.361	2.115	5.528
4	2.6619	0.4727	-0.1702	1.1822	0.35	1.7145	-0.1998	0.4791	-0.3864	-0.4452	0.2854	-0.2214	-0.2486	-0.0835	-0.0856	0.1158	-0.0428	0.2485	-0.1614	-0.0929	-0.157	23.931	14.391	-13.618
5	2.1582	0.7476	-0.9627	1.916	0.6198	1.9986	-0.1961	0.1176	-0.3861	-0.2158	0.2452	-0.3759	-0.414	0.2073	-0.0491	0.0238	-0.0791	0.2657	-0.1736	-0.0635	-0.0473	31.929	18.834	-3.134
6	10.0729	9.1523	2.5294	14.244	3.4737	7.3899	-0.6771	0.4068	0.642	-0.6242	0.5417	0.1017	-0.9256	0.4509	0.1355	0.0234	0.1661	0.1031	-0.2785	0.0666	-0.1626	25.629	39.325	15.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 195	1 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	196 - 255	196 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	256 - 271	256 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 195	1 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	196 - 255	196 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	256 - 271	256 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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