PDB-2dxl: Glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dxl

タイトル

Glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes

要素

Phosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / domain-swapping / beta-sheet extension / metalloenzyme / disulfide / alpha/beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerophosphodiester phosphodiesterase / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / glycerol metabolic process / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Ollis, D.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure and function of a novel glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes
著者: Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Liu, J.W. / Watt, S.J. / Beck, J.L. / Ollis, D.L.

履歴

登録	2006年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dxl.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dxl.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dxl_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dxl_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	2dxl_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	2dxl_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/2dxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/2dxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dxn-1 3d03-d 2zoa-1 2zo9-1 3mpj-1 1buc-1 5zw7-1 2jbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

A: Phosphohydrolase

B: Phosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.462, 164.462, 164.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1022- HOH

#1: タンパク質	Phosphohydrolase / GpdQ 分子量: 30830.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア) 遺伝子: GpdQ / プラスミド: pCY76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: Q6XBH1, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 29959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 77.2 Å² / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 34.3
反射シェル	解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 4934 / R_sym value: 0.424 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 19.679 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19384	1527	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15805	-	-	-
obs	0.15984	28390	99.9 %	-
all	-	29917	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.749 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4274	0	4	65	4343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.95	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.2	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.237	23.889	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.112	15	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.144	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.114	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.569	1.5	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.724	2	4372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.352	3	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.155	4.5	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	118	-
R_work	0.214	2068	-
obs	-	2068	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2418	0.5397	-0.6066	1.5226	-0.4273	2.8531	-0.0981	0.0013	-0.073	-0.2757	0.1605	-0.4594	-0.5306	0.5047	-0.0624	-0.0351	-0.1574	0.229	-0.1768	-0.0584	0.0003	46.394	33.293	7.989
2	2.0666	1.6778	-0.8457	1.6162	0.1879	3.3576	-0.1724	0.3605	-0.2539	-0.4039	0.198	-0.2225	-0.6198	-0.1098	-0.0256	0.0417	-0.0596	0.2496	-0.2623	-0.0008	-0.1038	35.354	27.998	1.643
3	7.5246	2.9591	4.5223	3.6802	6.165	10.9441	-0.0799	0.5714	-0.9054	-0.857	0.3809	-0.3039	0.0717	0.6302	-0.3011	-0.1181	0.0302	0.1419	-0.2839	0.0781	-0.0171	24.408	2.181	5.72
4	3.3133	0.47	-0.7531	1.1502	0.3162	2.5714	-0.2282	0.575	-0.3533	-0.6027	0.307	-0.2701	-0.1992	-0.0475	-0.0787	0.123	-0.0655	0.2384	-0.1821	-0.0941	-0.1954	24.105	14.466	-13.434
5	3.1593	1.3491	-1.4779	2.7714	0.8578	3.0694	-0.2336	0.1252	-0.5088	-0.2715	0.2432	-0.5748	-0.4001	0.3564	-0.0096	-0.0733	-0.0696	0.2413	-0.2351	-0.0693	-0.1091	32.104	18.831	-3.022
6	12.6909	10.3135	4.492	9.8576	3.6358	7.4581	-0.6152	0.1677	0.6057	-0.4716	0.5867	-0.152	-1.1039	0.507	0.0285	0.026	0.104	0.1029	-0.2775	0.0594	-0.1756	25.803	39.335	15.445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 195	1 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	196 - 255	196 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	256 - 271	256 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 195	1 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	196 - 255	196 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	256 - 271	256 - 271

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関連情報:EMDBヘッダ

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