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- PDB-2dwu: Crystal Structure of Glutamate Racemase Isoform RacE1 from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dwu
タイトルCrystal Structure of Glutamate Racemase Isoform RacE1 from Bacillus anthracis
要素Glutamate racemase
キーワードISOMERASE / racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / : / Glutamate racemase / Glutamate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mehboob, S. / Santarsiero, B.D. / Johnson, M.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and Functional Analysis of Two Glutamate Racemase Isozymes from Bacillus anthracis and Implications for Inhibitor Design
著者: May, M. / Mehboob, S. / Mulhearn, D.C. / Wang, Z. / Yu, H. / Thatcher, G.R.J. / Santarsiero, B.D. / Johnson, M.E. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2006年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate racemase
B: Glutamate racemase
C: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,40613
ポリマ－90,4793
非ポリマー92710
水21,0241167
1
A: Glutamate racemase
B: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9689
ポリマ－60,3202
非ポリマー6497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
C: Glutamate racemase
ヘテロ分子

C: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8768
ポリマ－60,3202
非ポリマー5576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)85.783, 49.659, 198.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.065, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-283-

HOH

21C-283-

HOH

31C-284-

HOH

詳細A dimer is formed from chain A and B; and a second dimer is formed from chain C and symmetry-related chain C by a two-fold rotation about the b-axis: 1-x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Glutamate racemase


分子量: 30159.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: racE-1 / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q81UL8, UniProt: A0A6L8PVU3*PLUS, glutamate racemase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 0.2M potassium fluoride, 20% PEG 3350, 10mM yttrium chloride, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→20 Å / Num. obs: 105445 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.447 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.53-1.620.2145.633008844742
1.62-1.740.1688.9663331240565.6
1.74-1.870.117141054081643693
1.87-2.050.08320.21088851602898
2.05-2.290.06326.3994771441998.4
2.29-2.640.05530.4908761299599.1
2.64-3.220.04934.7792261105799.6
3.220.04438.763145874699.8

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.83 Å
Translation2.5 Å19.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GZM

2gzm


解像度: 1.6→20 Å / FOM work R set: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 5039 4.6 %random
Rwork0.162 ---
all-99587 --
obs-99587 90.2 %-
溶媒の処理Bsol: 59.362 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 18.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.237 Å20 Å20.046 Å2
2---3.889 Å20 Å2
3---3.652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6114 0 57 1167 7338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.506
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.6-1.610.27420.20410351077
1.61-1.620.237640.21111251189
1.62-1.630.246670.1911131180
1.63-1.650.22770.19411891266
1.65-1.660.218760.19212821358
1.66-1.670.288640.212601324
1.67-1.680.238920.19113571449
1.68-1.70.206670.17614301497
1.7-1.710.287720.21415451617
1.71-1.720.182810.18315431624
1.72-1.740.207870.18715661653
1.74-1.750.192910.18917871878
1.75-1.770.213830.16418251908
1.77-1.790.2151030.18419132016
1.79-1.80.1971030.17520082111
1.8-1.820.194980.1820622160
1.82-1.840.2241210.1820352156
1.84-1.860.1891180.15519892107
1.86-1.880.221230.17520412164
1.88-1.90.179970.15520592156
1.9-1.920.195880.15920362124
1.92-1.940.1911160.15220212137
1.94-1.960.197940.16621332227
1.96-1.990.1931050.16820502155
1.99-2.020.2151240.17819842108
2.02-2.040.21070.1721052212
2.04-2.070.1871060.16220252131
2.07-2.10.19970.16820672164
2.1-2.140.2111200.16820632183
2.14-2.170.2061160.16720342150
2.17-2.210.1631210.1520762197
2.21-2.250.2121080.16120912199
2.25-2.290.1811090.15120122121
2.29-2.340.1641090.15421272236
2.34-2.390.2041010.15520812182
2.39-2.440.2121110.16620642175
2.44-2.510.1951040.16320722176
2.51-2.570.2341280.1720982226
2.57-2.650.1811290.1520362165
2.65-2.730.2091120.1621642276
2.73-2.830.2061050.16420242129
2.83-2.940.1871140.1621252239
2.94-3.080.1691000.14821582258
3.08-3.240.1871100.15720432153
3.24-3.440.194990.15121762275
3.44-3.710.1931140.14520872201
3.71-4.080.1571090.13121642273
4.08-4.660.1491150.14221062221
4.66-5.850.2091250.1821302255
5.85-200.1961170.20220322149
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4cis.param
X-RAY DIFFRACTION5dgl.paramdgl.top
X-RAY DIFFRACTION6gol.paramgol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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