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- PDB-2dwq: Thermus thermophilus YchF GTP-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dwq
タイトルThermus thermophilus YchF GTP-binding protein
要素GTP-binding protein
キーワードHYDROLASE / GTP-binding / signal transduction / TGS domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Obg-related GTPase Ych/YyaF, coiled-coil domain / Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain ...Obg-related GTPase Ych/YyaF, coiled-coil domain / Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Beta-grasp domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-binding ATPase YchF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Shorouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermus thermophilus YchF GTP-binding protein
著者: Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein
B: GTP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1312
ポリマ－81,1312
非ポリマー00
水55831
1
A: GTP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5651
ポリマ－40,5651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5651
ポリマ－40,5651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.940, 54.357, 92.585
Angle α, β, γ (deg.)80.11, 76.46, 73.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein


分子量: 40565.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJ29
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.01M Cobaltous Chloride, 0.1M Sodium Acetate, 1M 1,6 Hexanediol, 4% Acetone, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 18991 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.83013 % / Biso Wilson estimate: -0.4 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 6.0465
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.41909 / Rsym value: 0.164 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DBY

2dby


解像度: 2.95→37.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 716396.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1872 9.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 18991 94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.2323 Å2 / ksol: 0.286933 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.38 Å2-20.79 Å27.79 Å2
2--6.03 Å2-2.18 Å2
3----19.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→37.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 0 31 5410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.43
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 206 10.7 %
Rwork0.38 1718 -
obs--54.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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