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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dw2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of VAP2 from Crotalus atrox venom (Form 2-5 crystal) | |||||||||
![]() | Catrocollastatin | |||||||||
![]() | APOPTOSIS / TOXIN / apoptotic toxin / SVMP / metalloproteinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Takeda, S. / Igarashi, T. / Araki, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of catrocollastatin/VAP2B reveal a dynamic, modular architecture of ADAM/adamalysin/reprolysin family proteins 著者: Igarashi, T. / Araki, S. / Mori, H. / Takeda, S. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of two vascular apoptosis-inducing proteins (VAPs) from Crotalus atrox venom. 著者: Igarashi, T. / Oishi, Y. / Araki, S. / Mori, H. / Takeda, S. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of VAP1 reveal ADAMs' MDC domain architecture and its unique C-shaped scaffold 著者: Takeda, S. / Igarashi, T. / Mori, H. / Araki, S. #3: ジャーナル: ENDOTHELIUM / 年: 2007 タイトル: cDNA cloning and some additional peptide characterization of a single-chain vascular apoptosis-inducing protein, VAP2 著者: Masuda, S. / Maeda, H. / Miao, J.Y. / Hayashi, H. / Araki, S. #4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Two vascular apoptosis-inducing proteins from snake venom are members of the metalloprotease/disintegrin family 著者: Masuda, S. / Hayashi, H. / Araki, S. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE There is difference between the SEQRES and the sequence database. The depositors believe ...SEQUENCE There is difference between the SEQRES and the sequence database. The depositors believe it is a variant. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46912.762 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 191-609 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4% n-propanol, 16.2% PEG8000, 0.18M calcium acetate, 0.09M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 28047 / Num. obs: 26911 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 2313 / % possible all: 82.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ERO 解像度: 2.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å
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