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万見
- PDB-2duu: Crystal Structure of apo-form of NADP-Dependent Glyceraldehyde-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2duu
タイトルCrystal Structure of apo-form of NADP-Dependent Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Synechococcus Sp.
要素Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase / Rossmann fold / apo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kitatani, T. / Nakamura, Y. / Wada, K. / Kinoshita, T. / Tamoi, M. / Shigeoka, S. / Tada, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of apo-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Synechococcus PCC7942
著者: Kitatani, T. / Nakamura, Y. / Wada, K. / Kinoshita, T. / Tamoi, M. / Shigeoka, S. / Tada, T.
履歴
登録2006年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
O: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,88012
ポリマ－248,3036
非ポリマー5766
水5,711317
1
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,9208
ポリマ－165,5364
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
2
O: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,9208
ポリマ－165,5364
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9604
ポリマ－82,7682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
4
O: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9604
ポリマ－82,7682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
5
Q: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9604
ポリマ－82,7682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.4, 79.8, 207.2
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.1, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer, and the second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+1, y, -z+1.

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase


分子量: 41383.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
生物種: Synechococcus elongatus / 株: PCC7942 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q55245, UniProt: Q9R6W2*PLUS, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: gel-tube method / pH: 4.8
詳細: 60% saturation of ammonium sulfate, 0.1M citrate buffer, 0.2M potassium sodium tartrate, pH 4.8, gel-tube method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 53808 / Num. obs: 50999 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5398 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D2I

2d2i


解像度: 2.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.275 5175 RANDOM
Rwork0.217 --
all-53808 -
obs-50999 -
原子変位パラメータBiso mean: 60.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.83 Å20 Å2-4.87 Å2
2--9.57 Å20 Å2
3---8.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14706 0 30 317 15053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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