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万見
- PDB-2dul: Crystal structure of tRNA G26 methyltransferase Trm1 in apo form ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dul
タイトルCrystal structure of tRNA G26 methyltransferase Trm1 in apo form from Pyrococcus horikoshii
要素N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tRNA modification enzyme / guanine 26 / N(2) / N(2)-dimethyltransferase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine26-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(26)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA (guanine(10)-N2)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase, C-terminal domain / tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase, archaeal and bacterial / tRNA methyltransferase, Trm1 / tRNA methyltransferase, Trm1, C-terminal / N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase / Trm1 methyltransferase domain profile. / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase, C-terminal domain / tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase, archaeal and bacterial / tRNA methyltransferase, Trm1 / tRNA methyltransferase, Trm1, C-terminal / N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase / Trm1 methyltransferase domain profile. / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ihsanawati / Shirouzu, M. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of tRNA N(2),N(2)-Guanosine Dimethyltransferase Trm1 from Pyrococcus horikoshii
著者: Ihsanawati / Nishimoto, M. / Higashijima, K. / Shirouzu, M. / Grosjean, H. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1032
ポリマ－43,0111
非ポリマー921
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
ヘテロ分子

A: N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2064
ポリマ－86,0222
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.909, 109.662, 96.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細there are one molecule in the asymmetric unit cell but the molecule have intensively contacts with the neighbouring molecule via 2 fold crystallographic axis. The exact function of the protein requires further experiment.

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要素

#1: タンパク質 N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase / tRNA(guanine-26 / N(2)-N(2)) methyltransferase / tRNA 2 / 2-dimethylguanosine-26 methyltransferase ...tRNA(guanine-26 / N(2)-N(2)) methyltransferase / tRNA 2 / 2-dimethylguanosine-26 methyltransferase / tRNA(m(2 / 2)G26)dimethyltransferase


分子量: 43010.938 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-378 / 変異: L1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: trm1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O59493, EC: 2.1.1.32
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES buffer, 2M NaCl, 14% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B211
シンクロトロンSPring-8 BL26B221.0718, 1.0712, 1.0539
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU JUPITER 2101CCD2006年5月18日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2006年4月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.07181
31.07121
41.05391
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 31798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 35.09
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.9→48.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4066890.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1578 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 31706 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.1843 Å2 / ksol: 0.36243 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.09 Å20 Å20 Å2
2---10.71 Å20 Å2
3---15.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 6 320 3264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 260 5 %
Rwork0.249 4955 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3gol.paramgol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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