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万見
- PDB-2dtz: Crystal Structure of multidrug binding protein QacR from Staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dtz
タイトルCrystal Structure of multidrug binding protein QacR from Staphylococcus aureus cocrystallized with compound DB75
要素HTH-type transcriptional regulator qacR
キーワードTRANSCRIPTION / MULTIDRUG RECOGNITION / DB75 / QACR / MULTIDRUG BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator QacR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Brooks, B.E. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Multidrug-Binding Transcription Factor QacR Binds the Bivalent Aromatic Diamidines DB75 and DB359 in Multiple Positions
著者: Brooks, B.E. / Piro, K.M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2006年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,70112
ポリマ－91,9324
非ポリマー7698
水41423
1
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3506
ポリマ－45,9662
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
2
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3506
ポリマ－45,9662
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.497, 171.497, 94.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator qacR


分子量: 22983.023 Da / 分子数: 4 / 変異: C72A, C141S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: QacR, SAVP031 / プラスミド: pttq18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0N4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Mother liquor consists of 2.3 -2.7M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate. The protein stock solution is 10mg/mL and is mixed with a 1:1 dilution with the mother liquor. The ligand is ...詳細: Mother liquor consists of 2.3 -2.7M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate. The protein stock solution is 10mg/mL and is mixed with a 1:1 dilution with the mother liquor. The ligand is added to the protein stock solution at concentrations of 200-500 micromolar., pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→76.7 Å / Num. all: 35209 / Num. obs: 34470 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4828 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jt6

1jt6


解像度: 2.8→76.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2688886.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: DB75 ligand is disordered. The A and B chains and D and E chains form two distinct dimers. The A and B dimer assumes the drug bound conformation. The D and E dimer assumes the apo conformation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 3435 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 34470 97.9 %-
all-35209 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.3873 Å2 / ksol: 0.334565 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.83 Å20 Å20 Å2
2--5.83 Å20 Å2
3----11.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 40 23 6063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 566 10.3 %
Rwork0.361 4942 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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