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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dtr | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | |||||||||
要素 | DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR | |||||||||
キーワード | REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / IRON | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu, X. / Pohl, E. / Hol, W.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: High-resolution structure of the diphtheria toxin repressor complexed with cobalt and manganese reveals an SH3-like third domain and suggests a possible role of phosphate as co-corepressor. 著者: Qiu, X. / Pohl, E. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Purification and Characterization of the Diphtheria Toxin Repressor 著者: Schmitt, M.P. / Twiddy, E.M. / Holmes, R.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dtr.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dtr.ent.gz | 31.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dtr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dtr_validation.pdf.gz | 379.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dtr_full_validation.pdf.gz | 379.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dtr_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dtr_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dtr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25349.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 株: C7(-) / 遺伝子: T / プラスミド: PMS298 / 遺伝子 (発現宿主): T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 14788 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 41868 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.25 Å / % possible obs: 52 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→7 Å / σ(F): 1 詳細: 2FO-FC ELECTRON DENSITY IS MISSING FOR RESIDUES 1 - 3, 141 - 147 AND 199 - 200. THESE RESIDUES ARE ASSUMED TO BE DISORDERED. THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY IS WEAK OR MISSING FOR RESIDUES 148 - 226.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.0171 / 最低解像度: 7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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