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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dt4
タイトルCrystal structure of Pyrococcus horikoshii a plant- and prokaryote-conserved (PPC) protein at 1.60 resolution
要素Hypothetical protein PH0802
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PPC domain
機能・相同性Predicted DNA-binding protein with PD1-like DNA-binding motif / PPC domain / Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain / PPC domain profile profile. / Hypothetical protein, similar to alpha- acetolactate decarboxylase; domain 2 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PPC domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lin, L. / Nakano, H. / Uchiyama, S. / Fujimoto, S. / Matsunaga, S. / Nakamura, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Pyrococcus horikoshii PPC protein at 1.60 A resolution
著者: Lin, L. / Nakano, H. / Nakamura, S. / Uchiyama, S. / Fujimoto, S. / Matsunaga, S. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Fukui, K.
履歴
登録2006年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH0802
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2062
ポリマ－16,1141
非ポリマー921
水3,135174
1
A: Hypothetical protein PH0802
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein PH0802
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein PH0802
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6186
ポリマ－48,3413
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
2
A: Hypothetical protein PH0802
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,23512
ポリマ－96,6826
非ポリマー5536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.922, 53.922, 159.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1271-

HOH

21A-1273-

HOH

31A-1275-

HOH

41A-1295-

HOH

51A-1301-

HOH

61A-1314-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-Y,1-Y+X,Z and Y-X,1-X,Z.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PH0802 / plant- and prokaryote-conserved protein / PPC protein


分子量: 16113.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58532
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.2M potassium sodium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.9744, 0.9843
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.97441
40.98431
反射解像度: 1.6→18.83 Å / Num. all: 17768 / Num. obs: 17768 / % possible obs: 95.67 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.394 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1932 925 5.1 %RANDOM
Rwork0.16379 ---
all0.16531 17247 --
obs0.16531 17247 95.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 6 174 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9971563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79232566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.315142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.2 67
Rwork0.155 1087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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