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- PDB-2dsy: Crystal structure of TTHA0281 from thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dsy
タイトルCrystal structure of TTHA0281 from thermus thermophilus HB8
要素Hypothetical protein TTHA0281
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / THERMUS THERMOPHILUS HB8 / HYPOTHETICAL PROTEIN / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性: / UPF0150-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #250 / TTHA1013/TTHA0281-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Okazaki, N. / Kumei, M. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2007
タイトル: Structure of a UPF0150-family protein from Thermus thermophilus HB8
著者: Okazaki, N. / Kumei, M. / Manzoku, M. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Shinkai, A. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TTHA0281
B: Hypothetical protein TTHA0281
C: Hypothetical protein TTHA0281
D: Hypothetical protein TTHA0281
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7417
ポリマ－39,3024
非ポリマー4393
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.996, 62.743, 65.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is tetramer

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein TTHA0281


分子量: 9825.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLL2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9.37
詳細: Protein 7.91mg/mL, PEG4000 17.5w/w(%), CHES-HCl 0.1M, MgCl2 0.05M, pH 9.37, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97910, 0.97940, 0.98150
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENDING MAGNET / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
30.98151
反射解像度: 1.89→63.63 Å / Num. all: 24539 / Num. obs: 24539 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 4.66 / Num. unique all: 2448 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.415 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHPUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1218 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.185 23264 --
obs0.185 23264 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å2-0.94 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 0 26 174 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4872.0223511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53323.932117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46215426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7621521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0610.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4791.51651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93322524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17931116
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.954.5986
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 79 -
Rwork0.24 1629 -
obs-1629 93.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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