[日本語] English
万見
- PDB-2drm: Acanthamoeba myosin I SH3 domain bound to Acan125 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2drm
タイトルAcanthamoeba myosin I SH3 domain bound to Acan125
要素
  • 18-mer peptide from Acan125
  • Acanthamoeba Myosin IB
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane bounded cell projection / cellular component assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / cell leading edge / actin filament organization / endocytosis / actin filament binding / vesicle ...plasma membrane bounded cell projection / cellular component assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / cell leading edge / actin filament organization / endocytosis / actin filament binding / vesicle / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily ...Class I myosin tail homology domain / Class I myosin, motor domain / Unconventional myosin tail, actin- and lipid-binding / Class I myosin tail homology (TH1) domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / SH3 Domains / Kinesin motor domain superfamily / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin heavy chain IB
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Houdusse, A. / Bahloul, A. / Ostap, E.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the SH3 domain of Acanthamoeba myosin IB bound to Acan125
著者: Houdusse, A. / Bahloul, A. / Ostap, E.M. / Arold, S.
履歴
登録2006年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acanthamoeba Myosin IB
B: Acanthamoeba Myosin IB
C: Acanthamoeba Myosin IB
D: Acanthamoeba Myosin IB
E: 18-mer peptide from Acan125
G: 18-mer peptide from Acan125
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,80218
ポリマ－29,6656
非ポリマー1,13712
水4,846269
1
A: Acanthamoeba Myosin IB
B: Acanthamoeba Myosin IB
E: 18-mer peptide from Acan125
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,49710
ポリマ－14,8323
非ポリマー6657
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Acanthamoeba Myosin IB
D: Acanthamoeba Myosin IB
G: 18-mer peptide from Acan125
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3058
ポリマ－14,8323
非ポリマー4725
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.969, 37.861, 44.506
Angle α, β, γ (deg.)90.28, 90.11, 90.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Acanthamoeba Myosin IB / Myosin heavy chain IL


分子量: 6497.111 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acanthamoeba (真核生物) / 属: Acanthamoeba / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19706
#2: タンパク質・ペプチド 18-mer peptide from Acan125


分子量: 1838.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Acanthamoeba.
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 27.74 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.86 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.86 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→25 Å / Num. obs: 44074 / % possible obs: 89.4 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Χ2: 0.492 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.29→1.3 Å / Num. unique all: 675 / % possible all: 53.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DRK

2drk


解像度: 1.35→23.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.108 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20626 1977 5 %RANDOM
Rwork0.18575 ---
all0.19 ---
obs0.18678 37379 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0.02 Å2-0.1 Å2
2---0.64 Å2-0.02 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→23.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2075 0 64 269 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.9652993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76734307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7845261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.22348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2860.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.51328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17622123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.633864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4334.5870
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 139
Rwork0.216 2673
obs-2812

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る