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- PDB-2dq5: solution structure of the Mid1 B Box2 Chc(D/C)C2H2 Zinc-Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dq5
タイトルsolution structure of the Mid1 B Box2 Chc(D/C)C2H2 Zinc-Binding Domain: insights into an evolutionary conserved ring fold
要素Midline-1Mean line
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 Ligase (ユビキチンリガーゼ) / RING like / Zinc coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein localization to microtubule / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / centriolar satellite / regulation of microtubule cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / microtubule cytoskeleton organization ...positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein localization to microtubule / pattern specification process / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / centriolar satellite / regulation of microtubule cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / microtubule cytoskeleton organization / spindle / Interferon gamma signaling / transferase activity / microtubule binding / 微小管 / ubiquitin protein ligase binding / ゴルジ体 / enzyme binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CD2-Gal4 - #20 / Midline-1 / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / CD2-Gal4 / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain ...CD2-Gal4 - #20 / Midline-1 / : / Midline-1, COS domain / TRIM C-terminal subgroup One Signature domain / COS domain / COS domain profile. / CD2-Gal4 / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Few Secondary Structures / イレギュラー / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Midline-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, low target function
データ登録者Massiah, M.A. / Matts, J.A.B. / Short, K.M. / Simmons, B.N. / Singireddy, S. / Zou, J. / Cox, T.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of the MID1 B-box2 CHC(D/C)C(2)H(2) Zinc-binding Domain: Insights into an Evolutionarily Conserved RING Fold
著者: Massiah, M.A. / Matts, J.A.B. / Short, K.M. / Simmons, B.N. / Singireddy, S. / Yi, Z. / Cox, T.C.
履歴
登録2006年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Midline-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5213
ポリマ－5,3901
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure, lowest energy, fewest violations, closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Midline-1 / Mean line / Tripartite motif protein 18 / Putative transcription factor XPRF / Midin / RING finger protein 59 / ...Tripartite motif protein 18 / Putative transcription factor XPRF / Midin / RING finger protein 59 / Midline 1 RING finger protein


分子量: 5390.228 Da / 分子数: 1 / 断片: Bbox2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID1 / プラスミド: pGEX-4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O15344, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-H1 HSQC
121HNCA and HN(CA)CB
1313D-1H-15N-15N-HSQC-NOESY-HSQC
1411H-15N-NOESY-HSQC and 1H-13C-NOESY-HSQC
15115N-1H HSQC
1611H-13C-(H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.75-1.0mM 15N & 15N/13C labeled BBOX2; 50mM Tris-HCL, 100mM NaCl, 1mM ZnCl2, 10mM beta-mercaptoethanol; 2% sodium azide; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM Tris-HCl; 100mM NaCl; 5mM ZnCl2, 10mM beta-mercaptoethanol
pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 294 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Zhu, G. Pfeifer, J., Bax, A.解析
Sparky3.11Goddard, T.D., Kneller, D.G.データ解析
TALOSCornilescu, G. Delaglio, F., Bax, A.データ解析
CYANA2.1Guentert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, low target function / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 200 random structures were calculated with CYANA2.1 using a fast torsion angle dynamics algorithm and the best structures were selected based on their low target function (less 1), ...詳細: A total of 200 random structures were calculated with CYANA2.1 using a fast torsion angle dynamics algorithm and the best structures were selected based on their low target function (less 1), no NOE violation less than 0.2 Ang, vdw < 0.25, dihedral <3o.
代表構造選択基準: minimized average structure, lowest energy, fewest violations, closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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