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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dpk | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of the Primary Ca2+ Sensor of the Na+/Ca2+ Exchanger | ||||||
要素 | Sodium/calcium exchanger 1 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Calcium sensory domain / beta-sandwich / cis-proline (プロリン) / beta-bulge | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / calcium ion transmembrane transport / 筋鞘 / postsynapse / calmodulin binding / 神経繊維 / calcium ion binding / 核質 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Abramson, J. / Sawaya, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: The crystal structure of the primary Ca2+ sensor of the na+/ca2+ exchanger reveals a novel Ca2+ binding motif. 著者: Nicoll, D.A. / Sawaya, M. / Kwon, S. / Cascio, D. / Philipson, K.D. / Abramson, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dpk.cif.gz | 35.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dpk.ent.gz | 26.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dpk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dpk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16692.250 Da / 分子数: 1 / 断片: Ca2+ binding domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / プラスミド: pQE32 / Cell (発現宿主): M15pRep4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23685 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-GAI / | #4: 化合物 | ChemComp-EPE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 5791 / Num. obs: 5386 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→57.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.957 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.205 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→57.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.501→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.7946 Å / Origin y: 7.0462 Å / Origin z: 30.5266 Å
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