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- PDB-2dpk: The Crystal Structure of the Primary Ca2+ Sensor of the Na+/Ca2+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpk
タイトルThe Crystal Structure of the Primary Ca2+ Sensor of the Na+/Ca2+ Exchanger
要素Sodium/calcium exchanger 1
キーワードMETAL TRANSPORT / Calcium sensory domain / beta-sandwich / cis-proline / beta-bulge
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / calcium ion import / ankyrin binding ...calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / calcium ion import / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / sodium ion transmembrane transport / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / postsynapse / calmodulin binding / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Sodium/calcium exchanger membrane region ...CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / CalX-like domain superfamily / DnaJ domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abramson, J. / Sawaya, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of the primary Ca2+ sensor of the na+/ca2+ exchanger reveals a novel Ca2+ binding motif.
著者: Nicoll, D.A. / Sawaya, M. / Kwon, S. / Cascio, D. / Philipson, K.D. / Abramson, J.
履歴
登録2006年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1507
ポリマ－16,6921
非ポリマー4586
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.624, 45.524, 57.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sodium/calcium exchanger 1 / CBD1 / Na+/Ca2+ exchange protein 1


分子量: 16692.250 Da / 分子数: 1 / 断片: Ca2+ binding domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / プラスミド: pQE32 / Cell (発現宿主): M15pRep4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23685
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 5791 / Num. obs: 5386 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→57.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.957 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28364 257 4.6 %RANDOM
Rwork0.22233 ---
all0.22514 ---
obs0.22514 5386 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å20 Å20 Å2
2---3.22 Å20 Å2
3---6.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 23 17 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9631324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80332010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.30225.53247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10715152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.358154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2222635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9592258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5743987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2052379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6723337
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 17 -
Rwork0.334 329 -
obs--86.28 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.7946 Å / Origin y: 7.0462 Å / Origin z: 30.5266 Å
111213212223313233
T0.0114 Å2-0.0099 Å2-0.0027 Å2-0.0035 Å2-0.0961 Å2--0.1212 Å2
L2.8755 °2-1.1776 °22.2134 °2-2.4329 °2-2.0543 °2--4.4439 °2
S0.0614 Å °-0.0894 Å °-0.094 Å °0.1305 Å °0.0117 Å °0.1063 Å °0.0321 Å °-0.0131 Å °-0.0731 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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