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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dp7 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of D(CGCGAATXCGCG) Where X is 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / modified nucleotide / 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine / B-DNA | 機能・相同性 | (6-AMINOHEXYL)CARBAMIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures of DNA:DNA and DNA:RNA duplexes containing 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-modified uracils reveal the basis for properties as antigene and antisense molecules 著者: Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 383.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3649.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This DNA dodecamer is a synthetic construct. #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20mM sodium cacodylate (pH 6.0), 40mM potassium chloride, 2.5mM magnesium chloride, 1.5mM spermine tetrahydrochloride and 5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), equilibrated against 45%(v/v) ...詳細: 20mM sodium cacodylate (pH 6.0), 40mM potassium chloride, 2.5mM magnesium chloride, 1.5mM spermine tetrahydrochloride and 5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), equilibrated against 45%(v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→18.836 Å / Num. obs: 10074 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 355D 解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood 詳細: The value of the item "Number reflections (observed)" is the number of reflections used in refinement. This value excludes the reflections that have sigma(F) less than 3.0.
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
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