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- PDB-2doh: The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2doh
タイトルThe X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound a to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM
要素
  • Angiostatin
  • Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
キーワードHYDROLASE / lysine-binding site / plasminogen / kringle domains
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / protein antigen binding ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / protein antigen binding / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / labyrinthine layer blood vessel development / plasminogen activation / biological process involved in interaction with symbiont / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein processing / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / protease binding / endopeptidase activity / blood microparticle / signaling receptor binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains ...Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / YSIRK Gram-positive signal peptide / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Plasminogen / Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cnudde, S.E. / Prorok, M. / Castellino, F.J. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM
著者: Cnudde, S.E. / Prorok, M. / Castellino, F.J. / Geiger, J.H.
履歴
登録2006年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Angiostatin
C: Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4653
ポリマ－30,3772
非ポリマー881
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.377, 58.377, 391.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-356-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Angiostatin


分子量: 26757.619 Da / 分子数: 1 / 断片: Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3 / 変異: N289E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: タンパク質・ペプチド Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM / Fragment


分子量: 3618.999 Da / 分子数: 1 / 断片: VEK-30 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VEK-30 is an internal peptide within PAM / 参照: UniProt: P49054*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M potassium phosphate (dihydrate), 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 12.4 / 数: 320127 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.53 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 22779 / % possible obs: 80.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.315088.610.0714.129
3.424.3197.210.0823.817
2.993.4210010.1022.608
2.712.9910010.1362.01
2.522.7199.510.1881.868
2.372.5290.110.2311.259
2.252.3778.710.3781.052
2.152.2568.110.5121.073
2.072.1556.410.8120.752
22.0719.110.8341.484
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22779 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.525 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.834 / Num. unique all: 524 / Χ2: 1.484 / % possible all: 19.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.406 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.738
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.97 Å
Translation2.5 Å19.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KI0

1ki0


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.339 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1775 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.215 ---
obs0.21 17617 93.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20.79 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 6 311 1838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.9522155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.55733121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1875186
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.3449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2760.31725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3370.5293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3440.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4280.531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4051.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27921539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5163646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.744.5616
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 95
Rwork0.3 894
obs-989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3696-1.38750.12071.9201-0.35723.8554-0.1019-0.5894-0.42260.07710.05810.00980.0971-0.02630.04380.0429-0.03930.02180.35120.13970.1577-0.089921.98245.1946
23.84310.00811.68872.9564-1.38897.694-0.00840.37470.2679-0.06360.030.2135-0.12790.0092-0.02160.0493-0.02170.01180.28470.02710.082329.689723.005317.5897
335.072210.24481.71289.9301-1.049611.5063-0.11450.1063-0.06290.17620.0224-0.0095-0.5842-0.04380.0920.27930.030.04860.13350.01340.0130.40725.45231.8573
42.24070.13221.00890.2801-0.22240.99710.00040.02010.10.1250.02440.063-0.0264-0.0828-0.02480.28440.00270.04640.4950.03280.319715.701520.981414.5417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X81 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1X1001
3X-RAY DIFFRACTION2X165 - 245
4X-RAY DIFFRACTION3C304 - 326
5X-RAY DIFFRACTION3C328
6X-RAY DIFFRACTION4C331 - 375
7X-RAY DIFFRACTION4X1002 - 1267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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