PDB-2dnx: Solution structure of RSGI RUH-063, an N-terminal domain of Synta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dnx

タイトル

Solution structure of RSGI RUH-063, an N-terminal domain of Syntaxin 12 from human cDNA

要素

Syntaxin-12

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / syntaxin / SNARE / Habc domain / up and down three helix bundle / left-handed twist / membrane fusion / vesicle transport / structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic recycling endosome / vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / endocytic recycling / phagophore assembly site / cholesterol efflux / autophagosome assembly / phagocytic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Abe, T. / Hirota, H. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-063, an N-terminal domain of Syntaxin 12 from human cDNA
著者: Abe, T. / Hirota, H. / Muto, Y. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dnx.cif.gz	781.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dnx.ent.gz	656.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dnx_validation.pdf.gz	350.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dnx_full_validation.pdf.gz	510.9 KB	表示
XML形式データ	2dnx_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	2dnx_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jcz-d 2kc2-d 1hrp-d 1ceh-1 5xtm-1 3gqk-d 5uae-2 5dje-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso002000522.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Syntaxin-12

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy, target function

#1: タンパク質	Syntaxin-12 分子量: 14348.924 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 8-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: STX12 / プラスミド: P050302-94 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q86Y82

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.35mM RSGI RUH-063 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL AVANCE / 製造業者: JEOL / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.932	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.8	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy, target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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