PDB-2dna: Solution Structure of RSGI RUH-056, a UBA domain from mouse cDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dna

タイトル

Solution Structure of RSGI RUH-056, a UBA domain from mouse cDNA

要素

unnamed protein product

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ubiquitin associated domain / Dsk2 protein / Proteasome / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Ubiquilin-1-like domain / : / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-056, a UBA domain from mouse cDNA
著者: Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dna.cif.gz	340.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dna.ent.gz	284.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dna_validation.pdf.gz	343.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dna_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	2dna_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	2dna_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5f26-d 2edy-d 5l2h-4 4rah-d 2cd5-d 3oj3-7 2cd1-d 3ezi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt008001321.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: unnamed protein product

6.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	unnamed protein product / UBA Domain / Ubiquitin-associated domain 分子量: 6903.549 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal of Dsk2 protein, residues 8-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P050425-16 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q14DR8, UniProt: Q14DL0*PLUS

#1: タンパク質

unnamed protein product / UBA Domain / Ubiquitin-associated domain

分子量: 6903.549 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal of Dsk2 protein, residues 8-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P050425-16 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q14DR8, UniProt: Q14DL0*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.03mM domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM NaCl / pH: 7 / 圧: Ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1c	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.04	Johnson, B.A.	解析
KUJIRA	0.955	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guntert, P.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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