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- PDB-2dm9: Crystal Structure of PH1978 from Pyrococcus horikoshii OT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dm9
タイトルCrystal Structure of PH1978 from Pyrococcus horikoshii OT3
要素V-type ATP synthase subunit E
キーワードHYDROLASE / A-ATpase / Structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / F-type ATP synthase subunit B-like, membrane domain superfamily / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A-type ATP synthase subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PH1978 from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Lokanath, N.K. / Kunishima, N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Dimeric Core Structure of Modular Stator Subunit E of Archaeal H(+)-ATPase
著者: Lokanath, N.K. / Matsuura, Y. / Kuroishi, C. / Takahashi, N. / Kunishima, N.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type ATP synthase subunit E
B: V-type ATP synthase subunit E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8512
ポリマ－45,8512
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.196, 55.317, 77.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 V-type ATP synthase subunit E / A-ATPase / V-type ATPase subunit E


分子量: 22925.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: atpE / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O57724, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, CHES, pH 8.5, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B121.0, 0.97946, 0.97914
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2004年2月28日RH coated bent-cylindrical mirror
RIGAKU RAXIS V2IMAGE PLATE2004年5月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI111 double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979461
30.979141
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 18717 / Num. obs: 18477 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.277 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→27.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.765 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 993 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 18477 98.75 %-
all-18717 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 0 166 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.961.9942513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06834234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8995234
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.22123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01121885
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6563719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0194.5628
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.262 80
Rwork0.247 1305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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