PDB-2dlj: 2'-Me-Se and Br Derivitation of A-DNA Octamer G(UMS)G(BRU)ACAC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dlj

タイトル

2'-Me-Se and Br Derivitation of A-DNA Octamer G(UMS)G(BRU)ACAC

要素

5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

キーワード

DNA / 2'-Methylseleno-uridine / Se-DNA / Se-Br-DNA / Selenium Derivatization

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Jiang, J. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Selenium derivatization of nucleic acids for crystallography.
著者: Jiang, J. / Sheng, J. / Carrasco, N. / Huang, Z.

履歴

登録	2006年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dlj.cif.gz	15.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dlj.ent.gz	9.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dlj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dlj_validation.pdf.gz	360.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dlj_full_validation.pdf.gz	360.2 KB	表示
XML形式データ	2dlj_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	2dlj_validation.cif.gz	3.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z7iC 2gpxC 2h05C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kq8-1 2nsk-1 188d-1 6d4l-1 4fp6-1 3bm0-1 243d-1 1z7i-1 172d-1 2gq4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

2.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*GP*(UMS)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

登録者が定義した集合体
5.14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.369, 42.369, 23.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(GP(UMS)PGP(BRU)PAPCPAPC)-3' 分子量: 2570.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase Synthesis via Phosphoramidite Chemistry
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6 詳細: 10% v/v MPD 40mM Sodium Cacodylate, 12mM Spermine tetra-HCI, 80 mM sodium Chloride/12mM Potassium Chloride, 20 mM Magnesium Chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.00

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1, 0.9196

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	0.9196	1

反射

解像度: 1.5→18.61 Å / Num. obs: 3777 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 1.5→18.61 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	359	9.6 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.174	3597	95.8 %	-
all	-	3597	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 34.92 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.272 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.272 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.543 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.18 Å	0.15 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.07 Å	0.05 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	162	0	45	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.62
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.192	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.92	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.523	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.075	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.029

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	59	-
R_work	0.192	-	-
obs	-	-	11.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	DNA-RNA_UMS.PAR	ION.TOP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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