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- PDB-2dkf: Crystal Structure of TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8, a RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dkf
タイトルCrystal Structure of TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8, a RNA Degradation Protein of the Metallo-beta-lactamase Superfamily
要素metallo-beta-lactamase superfamily protein
キーワードHYDROLASE / beta-CASP family / metallo-beta-lactamase / ribonuclease / RNase E / Thermus thermophilus / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease TTHA0252
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ishikawa, I. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Masui, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8, a RNA degradation protein of the metallo-beta-lactamase superfamily
著者: Ishikawa, H. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2006年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: metallo-beta-lactamase superfamily protein
B: metallo-beta-lactamase superfamily protein
C: metallo-beta-lactamase superfamily protein
D: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,30912
ポリマ－189,7854
非ポリマー5238
水1,65792
1
A: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5773
ポリマ－47,4461
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5773
ポリマ－47,4461
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5773
ポリマ－47,4461
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5773
ポリマ－47,4461
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: metallo-beta-lactamase superfamily protein
C: metallo-beta-lactamase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1546
ポリマ－94,8932
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.220, 147.100, 121.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
metallo-beta-lactamase superfamily protein / TTHA0252 protein


分子量: 47446.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0252 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 55771634, UniProt: Q5SLP1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0M Ammonium Sulfate, 1%(w/v) Polyethylene Glycol 3350, 0.1M Bis-Tris, 4%(v/v) 2,2,2 Trifluoroethanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.97882 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月7日
放射モノクロメーター: transparent diamond double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97882 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 58051 / Num. obs: 58051 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 9.95 / Num. unique all: 5799 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.99 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 5673 -random
Rwork0.2417 ---
all-55906 --
obs-55906 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-3.16 Å23.77 Å2
2--0 Å27.54 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13304 0 8 92 13404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 898 -
Rwork0.361 --
obs-8763 90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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