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万見
- PDB-2djx: Crystal structure of native Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2djx
タイトルCrystal structure of native Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase
要素Dihydroorotate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Chagas' disease / Pyrimidine biosynthesis / Fumarate reductase / Energy metabolism / Redox homeostasis / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll ...Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / COBALT HEXAMMINE(III) / : / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Inaoka, D.K. / Shimizu, H. / Sakamoto, K. / Shiba, T. / Kurisu, G. / Nara, T. / Aoki, T. / Harada, S. / Kita, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of native Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase
著者: Inaoka, D.K. / Shimizu, H. / Sakamoto, K. / Shiba, T. / Kurisu, G. / Nara, T. / Aoki, T. / Harada, S. / Kita, K.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate Dehydrogenase
B: Dihydroorotate Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5035
ポリマ－68,4292
非ポリマー1,0743
水12,196677
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.959, 73.128, 126.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotate Dehydrogenase


分子量: 34214.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: TULAHUEN / 遺伝子: TCDHOD2 / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: GenBank: 81295307, UniProt: Q4D3W2*PLUS, EC: 1.3.3.1
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 3350, 1mM Oxonic acid potassium salt, 0.25M Hexammine cobalt trichloride, 0.1 M cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 89084 / Num. obs: 87732 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 8787 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E6A

2e6a


解像度: 1.58→39.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.376 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20373 4401 5 %RANDOM
Rwork0.18079 ---
obs0.18196 83263 98.44 %-
all-89084 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→39.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4837 0 69 677 5583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3162.0036830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.685640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56924.078206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05115820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2991527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.23416
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3990.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.621.53303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99625076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66132072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6294.51751
LS精密化 シェル最高解像度: 1.58 Å / Num. reflection Rwork: 6072 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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