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- PDB-2dh2: Crystal Structure of human ED-4F2hc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dh2
タイトルCrystal Structure of human ED-4F2hc
要素4F2 cell-surface antigen heavy chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / TIM-barrel / glycosidase like / antiparallel beta-sheet / greek key / C-terminal domain / extracellular domain
機能・相同性
機能・相同性情報


apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport ...apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / proline transport / L-leucine transport / thyroid hormone transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fort, J. / Fita, I. / Palacin, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The structure of human 4F2hc ectodomain provides a model for homodimerization and electrostatic interaction with plasma membrane.
著者: Fort, J. / de la Ballina, L.R. / Burghardt, H.E. / Ferrer-Costa, C. / Turnay, J. / Ferrer-Orta, C. / Uson, I. / Zorzano, A. / Fernandez-Recio, J. / Orozco, M. / Lizarbe, M.A. / Fita, I. / Palacin, M.
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0062
ポリマ－46,9471
非ポリマー591
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.674, 67.846, 73.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / 4F2 heavy chain antigen / CD98 antigen


分子量: 46947.070 Da / 分子数: 1 / 断片: ED4F2hc(Ectodomain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / プラスミド: pTrcHis (Invitrogen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08195
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000, 0,2M SODIUM ACETATE, 0,1M TRIS BUFFER, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月28日 / 詳細: KB-MIRROR
放射モノクロメーター: liq N2 cooled Si-111 double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.8 Å / Num. all: 26350 / Num. obs: 22652 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CaspR位相決定
MOLREP位相決定
DMMulti位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UOK, 1JI2 with Caspr MODELLER NORMAL MODES

1uok

1ji2


解像度: 2.1→17.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.328 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22969 1136 5.1 %RANDOM
Rwork0.17495 ---
obs0.17777 20986 97.27 %-
all-20986 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.26 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3269 0 4 139 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.9734537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84937039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1924.6150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67315562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8651518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21899
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1780.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.52523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1791.5859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34323339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94831415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9164.51198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 72 -
Rwork0.209 1533 -
obs--98.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.955 Å / Origin y: 0.328 Å / Origin z: 18.924 Å
111213212223313233
T-0.1542 Å20.0001 Å2-0.0595 Å2--0.1118 Å20.0012 Å2---0.124 Å2
L1.1382 °2-0.1325 °2-0.6154 °2-1.3808 °20.2919 °2--2.1085 °2
S-0.001 Å °-0.0132 Å °-0.0226 Å °0.1999 Å °0.0065 Å °-0.1114 Å °0.1286 Å °0.1559 Å °-0.0055 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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