PDB-2dg2: Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dg2

タイトル

Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein A-I Binding Protein

要素

Apolipoprotein A-I binding protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Disordered N-terminus

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane raft distribution / NAD(P)H-hydrate epimerase / NADHX epimerase activity / NADPHX epimerase activity / regulation of cholesterol efflux / nicotinamide nucleotide metabolic process / Nicotinamide salvaging / sprouting angiogenesis / lipid transport / negative regulation of angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Shumilin, I.A. / Jha, K.N. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Herr, J.C. / Minor, W.

引用

ジャーナル: Endocrinology / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural characterization of apolipoprotein A-I binding protein, a novel phosphoprotein with a potential role in sperm capacitation.
著者: Jha, K.N. / Shumilin, I.A. / Digilio, L.C. / Chertihin, O. / Zheng, H. / Schmitz, G. / Visconti, P.E. / Flickinger, C.J. / Minor, W. / Herr, J.C.

履歴

登録	2006年3月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dg2.cif.gz	277.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dg2.ent.gz	235.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dg2_validation.pdf.gz	496.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dg2_full_validation.pdf.gz	523.2 KB	表示
XML形式データ	2dg2_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	2dg2_validation.cif.gz	71 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o8nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nhu-2 3fcl-d 4gi1-d 1ia1-d 1m79-d 4wd6-d 3qlr-d 3adr-d 2icu-d 3b5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Apolipoprotein A-I binding protein

B: Apolipoprotein A-I binding protein

C: Apolipoprotein A-I binding protein

D: Apolipoprotein A-I binding protein

E: Apolipoprotein A-I binding protein

F: Apolipoprotein A-I binding protein

ヘテロ分子

180 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apolipoprotein A-I binding protein

B: Apolipoprotein A-I binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Apolipoprotein A-I binding protein

D: Apolipoprotein A-I binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Apolipoprotein A-I binding protein

F: Apolipoprotein A-I binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.855, 125.745, 163.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg label comp-ID: VAL / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 27 - 258 / Label seq-ID: 28 - 259

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
3	1	C	C
4	1	D	D
5	1	E	E
6	1	F	F
1	2	A	A
2	2	B	B
3	2	C	C
4	2	D	D
5	2	E	E
6	2	F	F

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a dimer, three of which are present in the asymmetric unit

#1: タンパク質	Apolipoprotein A-I binding protein 分子量: 29826.068 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 0-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apoa1bp / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 37231544, UniProt: Q8K4Z3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97898 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月15日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→80 Å / Num. all: 69794 / Num. obs: 69794 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→80 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 16.524 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22844	3691	5 %	RANDOM
R_work	0.20612	-	-	-
obs	0.20724	69734	98.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	0 Å²	2.7 Å²
2-	-	-1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→80 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10830	0	36	211	11077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	11160
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.997	15204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	23586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.572	5	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.148	24.667	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.924	15	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.404	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	10198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	6100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.187	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.262	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.852	3	7238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.434	3	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.117	5	11388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.964	8	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.477	11	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 3467 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	tight positional	0.02	0.05
2	6	F	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	tight thermal	0.07	0.5
1	5	E	tight thermal	0.06	0.5
1	6	F	tight thermal	0.06	0.5
2	1	A	tight thermal	0.07	0.5
2	2	B	tight thermal	0.07	0.5
2	3	C	tight thermal	0.07	0.5
2	4	D	tight thermal	0.07	0.5
2	5	E	tight thermal	0.06	0.5
2	6	F	tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	253	-
R_work	0.327	5156	-
obs	-	-	98.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.3848 Å / Origin y: 39.4476 Å / Origin z: 38.6855 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1192 Å²	-0.0727 Å²	0.0046 Å²	-	0.0998 Å²	-0.0016 Å²	-	-	0.1095 Å²
L	0.0087 °²	0.0148 °²	0.0377 °²	-	0.0253 °²	0.0642 °²	-	-	0.163 °²
S	-0.05 Å °	0.0121 Å °	0.0099 Å °	-0.0497 Å °	0.0383 Å °	0.0659 Å °	0.0411 Å °	0.0291 Å °	0.0116 Å °

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