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- PDB-2dfy: Crystal structure of a cyclized protein fusion of LMO4 LIM domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dfy
タイトルCrystal structure of a cyclized protein fusion of LMO4 LIM domains 1 and 2 with the LIM interacting domain of LDB1
要素fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC finger / LIM only protein / LIM domain / circular protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell activation / ventral spinal cord interneuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / spinal cord association neuron differentiation / spinal cord motor neuron differentiation / regulation of cell fate specification / positive regulation of kinase activity / motor neuron axon guidance / ventricular septum development / cell leading edge ...regulation of cell activation / ventral spinal cord interneuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / spinal cord association neuron differentiation / spinal cord motor neuron differentiation / regulation of cell fate specification / positive regulation of kinase activity / motor neuron axon guidance / ventricular septum development / cell leading edge / negative regulation of protein-containing complex assembly / regulation of cell migration / thymus development / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIM domain transcription factor LMO4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jeffries, C.M.J. / Graham, S.C. / Collyer, C.A. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Stabilization of a binary protein complex by intein-mediated cyclization
著者: Jeffries, C.M.J. / Graham, S.C. / Stokes, P.H. / Collyer, C.A. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.
履歴
登録2006年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1
C: fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,82712
ポリマ－42,1192
非ポリマー70710
水4,396244
1
X: fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4136
ポリマ－21,0601
非ポリマー3545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4136
ポリマ－21,0601
非ポリマー3545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.333, 61.333, 93.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21X

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 19 - 327 / Label seq-ID: 2 - 174

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CB
2XA
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT THAT CONSISTS OF 2 CHAINS. BIOLOGICAL ASSEMBLY CONSISTS OF ONE PROTEIN CHAIN, ONE HALF OF THE ASYMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 fusion protein of LIM domain transcription factor LMO4 and LIM domain-binding protein 1 / CZ-FLINC4


分子量: 21059.574 Da / 分子数: 2 / 断片: LMO4 / 変異: C52S/C64S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cyclised fusion of LMO4 residues 18-152 to LDB1 LID residues 300-339 via two flexible linkers with sequence GGSGGSGGSGG and TRESGSIEF
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PNW1120, PCY76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RECA / 参照: UniProt: P61969
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS, 15% GLYCEROL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月15日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 46870 / Num. obs: 44295 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 36.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RUT WITH MULTIPLE CONFORMERS, SOLVENT AND ZINC ATOMS REMOVED

1rut


解像度: 1.65→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.97 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2368 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.168 46663 --
obs0.168 44295 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 20 244 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9533360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79435172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9775316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.08722.414116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39615428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1051526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.22248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1590.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7551.51998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6271.5667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98922475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83131101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7694.5884
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.20435731
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.0393252
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.59434688
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: C / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
923TIGHT POSITIONAL0.010.05
1403LOOSE POSITIONAL0.085
923TIGHT THERMAL0.090.5
1403LOOSE THERMAL0.6510
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 189 -
Rwork0.215 3207 -
obs-3396 99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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