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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2df7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral particle | ||||||
要素 | structural polyprotein VP2 | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / icosahedral capsid / immunogen / epitope / surface loop | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / Hsp90 protein binding / viral capsid / host cell surface / host cell cytoplasm / host cell plasma membrane / structural molecule activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Infectious bursal disease virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ko, T.P. / Lee, C.C. / Wang, M.Y. / Wang, A.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral particle at 2.6A resolution: Implications in virion assembly and immunogenicity. 著者: Lee, C.C. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Yoshimura, M. / Doong, S.R. / Wang, M.Y. / Wang, A.H. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of immunogenic virus-like particles formed by infectious bursal disease virus (IBDV) structural protein VP2 著者: Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lee, M.S. / Chou, C.C. / Lai, S.Y. / Wang, A.H.J. / Wang, M.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2df7.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2df7.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2df7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2df7_validation.pdf.gz | 663.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2df7_full_validation.pdf.gz | 850.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2df7_validation.xml.gz | 341.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2df7_validation.cif.gz | 472.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/2df7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/2df7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49332.461 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス) 属: Avibirnavirus / 株: P3009 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6S9I7, UniProt: Q9WR38*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 320334 / Num. obs: 318732 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 30571 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1WCD 解像度: 2.6→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å
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