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万見
- PDB-2df7: Crystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2df7
タイトルCrystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral particle
要素structural polyprotein VP2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / icosahedral capsid / immunogen / epitope / surface loop
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ko, T.P. / Lee, C.C. / Wang, M.Y. / Wang, A.H.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral particle at 2.6A resolution: Implications in virion assembly and immunogenicity.
著者: Lee, C.C. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Yoshimura, M. / Doong, S.R. / Wang, M.Y. / Wang, A.H.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of immunogenic virus-like particles formed by infectious bursal disease virus (IBDV) structural protein VP2
著者: Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lee, M.S. / Chou, C.C. / Lai, S.Y. / Wang, A.H.J. / Wang, M.Y.
履歴
登録2006年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: structural polyprotein VP2
B: structural polyprotein VP2
C: structural polyprotein VP2
D: structural polyprotein VP2
E: structural polyprotein VP2
F: structural polyprotein VP2
G: structural polyprotein VP2
H: structural polyprotein VP2
I: structural polyprotein VP2
J: structural polyprotein VP2
K: structural polyprotein VP2
L: structural polyprotein VP2
M: structural polyprotein VP2
N: structural polyprotein VP2
O: structural polyprotein VP2
P: structural polyprotein VP2
Q: structural polyprotein VP2
R: structural polyprotein VP2
S: structural polyprotein VP2
T: structural polyprotein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)987,25336
ポリマ－986,64920
非ポリマー60416
水80,0774445
1
A: structural polyprotein VP2
B: structural polyprotein VP2
C: structural polyprotein VP2
D: structural polyprotein VP2
E: structural polyprotein VP2
F: structural polyprotein VP2
G: structural polyprotein VP2
H: structural polyprotein VP2
I: structural polyprotein VP2
J: structural polyprotein VP2
K: structural polyprotein VP2
L: structural polyprotein VP2
M: structural polyprotein VP2
N: structural polyprotein VP2
O: structural polyprotein VP2
P: structural polyprotein VP2
Q: structural polyprotein VP2
R: structural polyprotein VP2
S: structural polyprotein VP2
T: structural polyprotein VP2
ヘテロ分子

A: structural polyprotein VP2
B: structural polyprotein VP2
C: structural polyprotein VP2
D: structural polyprotein VP2
E: structural polyprotein VP2
F: structural polyprotein VP2
G: structural polyprotein VP2
H: structural polyprotein VP2
I: structural polyprotein VP2
J: structural polyprotein VP2
K: structural polyprotein VP2
L: structural polyprotein VP2
M: structural polyprotein VP2
N: structural polyprotein VP2
O: structural polyprotein VP2
P: structural polyprotein VP2
Q: structural polyprotein VP2
R: structural polyprotein VP2
S: structural polyprotein VP2
T: structural polyprotein VP2
ヘテロ分子

A: structural polyprotein VP2
B: structural polyprotein VP2
C: structural polyprotein VP2
D: structural polyprotein VP2
E: structural polyprotein VP2
F: structural polyprotein VP2
G: structural polyprotein VP2
H: structural polyprotein VP2
I: structural polyprotein VP2
J: structural polyprotein VP2
K: structural polyprotein VP2
L: structural polyprotein VP2
M: structural polyprotein VP2
N: structural polyprotein VP2
O: structural polyprotein VP2
P: structural polyprotein VP2
Q: structural polyprotein VP2
R: structural polyprotein VP2
S: structural polyprotein VP2
T: structural polyprotein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,961,760108
ポリマ－2,959,94860
非ポリマー1,81348
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area425650 Å2
ΔGint-1245 kcal/mol
Surface area704320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)316.412, 316.412, 316.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-5501-

CL

21B-5901-

CA

31P-5502-

CL

41P-5902-

CA

51C-5905-

HOH

61K-459-

HOH

71P-5903-

HOH

81P-5904-

HOH

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要素

#1: タンパク質
structural polyprotein VP2 / capsid protein VP2


分子量: 49332.461 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス)
属: Avibirnavirus / 株: P3009 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6S9I7, UniProt: Q9WR38*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンNSRRC BL17B221.0717
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年11月12日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.07171
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 320334 / Num. obs: 318732 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 30571 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WCD

1wcd


解像度: 2.6→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 14255 -random
Rwork0.165 ---
all0.168 320312 --
obs0.168 286954 89.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62495 0 16 4445 66956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1116 -
Rwork0.303 --
obs-23504 73.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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