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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2deg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tt0972 protein form Thermus Thermophilus with Mn2(+) ions | ||||||
要素 | tt0972 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / dodecamer / flavin / manganese ion / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Inagaki, E. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of tt0972 protein form Thermus Thermophilus 著者: Inagaki, E. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2deg.cif.gz | 95.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2deg.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2deg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/2deg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/2deg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dodecamer generated from the two trimers in the asymmetric unit by the operations: -x, -y, -z+1/2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7759.931 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: GenBank: 55772813, UniProt: Q5SIE3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% MPD, 200mM ammonium acetate, 100mM lithium chloride, 10mM manganese chloride, 100mM citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 49401 / Num. obs: 49302 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4026 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CZ8 解像度: 1.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.81 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
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