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- PDB-2de3: Crystal structure of DSZB C27S mutant in complex with 2'-hydroxyb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2de3
タイトルCrystal structure of DSZB C27S mutant in complex with 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinic acid
要素DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase / 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase activity / dibenzothiophene catabolic process / monooxygenase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #270 / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2'-HYDROXY-1,1'-BIPHENYL-2-SULFINIC ACID / 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, W.C. / Ohshiro, T. / Matsubara, T. / Izumi, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure and desulfurization mechanism of 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinic acid desulfinase.
著者: Lee, W.C. / Ohshiro, T. / Matsubara, T. / Izumi, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
B: DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7367
ポリマ－78,1252
非ポリマー6115
水10,395577
1
A: DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3563
ポリマ－39,0621
非ポリマー2932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3804
ポリマ－39,0621
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.670, 46.190, 113.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1001-

MG

21B-2529-

HOH

31B-2553-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B


分子量: 39062.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: IGTS8 / 遺伝子: DSZB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54997, 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-OBP / 2'-HYDROXY-1,1'-BIPHENYL-2-SULFINIC ACID / 2'-HYDROXYBIPHENYL-2-SULFINIC ACID / 2′-ヒドロキシビフェニル-2-スルフィン酸


分子量: 234.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化pH: 7
詳細: PEG 6000, PEG 8000, HEPES, MAGNESIUM ACETATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.23 Å / Num. obs: 354446 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 14.25 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→54.23 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.196 4816 RANDOM
Rwork0.18 --
obs0.18 96079 -
原子変位パラメータBiso mean: 14.481 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5225 0 41 577 5843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
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X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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