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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ddr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sphingomyelinase from Bacillus cereus with calcium ion | ||||||
要素 | Sphingomyelin phosphodiesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / DNase I like folding / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / killing of cells of another organism / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ago, H. / Oda, M. / Takahashi, M. / Tsuge, H. / Ochi, S. / Katunuma, N. / Miyano, M. / Sakurai, J. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural Basis of the Sphingomyelin Phosphodiesterase Activity in Neutral Sphingomyelinase from Bacillus cereus. 著者: Ago, H. / Oda, M. / Takahashi, M. / Tsuge, H. / Ochi, S. / Katunuma, N. / Miyano, M. / Sakurai, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ddr.cif.gz | 264.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ddr.ent.gz | 218.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ddr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ddr_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ddr_full_validation.pdf.gz | 470.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ddr_validation.xml.gz | 56.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ddr_validation.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2ddr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2ddr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34343.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: IAM 1029 / プラスミド: pHY300PLK / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): ISW1214 / 参照: UniProt: P11889, sphingomyelin phosphodiesterase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 18% (w/v) PEG 8000, 0.2M calcium chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 213905 / Num. obs: 213905 / % possible obs: 93.5 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1303281.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.0713 Å2 / ksol: 0.316693 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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