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万見
- PDB-2ddh: Crystal Structure of Acyl-CoA oxidase complexed with 3-OH-dodecanoate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ddh
タイトルCrystal Structure of Acyl-CoA oxidase complexed with 3-OH-dodecanoate
要素Acyl-CoA oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA BARREL / ALPHA up-down BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


very long-chain fatty acid beta-oxidation / : / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / acyl-CoA oxidase / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA oxidase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / fatty acid derivative biosynthetic process / alpha-linolenic acid metabolic process ...very long-chain fatty acid beta-oxidation / : / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / acyl-CoA oxidase / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA oxidase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / fatty acid derivative biosynthetic process / alpha-linolenic acid metabolic process / very long-chain fatty acid metabolic process / unsaturated fatty acid biosynthetic process / fatty acid catabolic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / peroxisomal membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix / FAD binding / fatty acid binding / generation of precursor metabolites and energy / PDZ domain binding / lipid metabolic process / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / spermatogenesis / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxisomal acyl-coenzyme A oxidase / : / Acyl-CoA oxidase, C-terminal / Acyl-CoA oxidase / Acyl-coenzyme A oxidase, N-terminal / Acyl-CoA oxidase / Acyl-coenzyme A oxidase N-terminal / Acyl-CoA oxidase, C-alpha1 domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain ...Peroxisomal acyl-coenzyme A oxidase / : / Acyl-CoA oxidase, C-terminal / Acyl-CoA oxidase / Acyl-coenzyme A oxidase, N-terminal / Acyl-CoA oxidase / Acyl-coenzyme A oxidase N-terminal / Acyl-CoA oxidase, C-alpha1 domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / Peroxisomal acyl-coenzyme A oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Keiji, T. / Nakajima, Y. / Miyahara, I. / Hirotsu, K.
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2006
タイトル: Three-Dimensional Structure of Rat-Liver Acyl-CoA Oxidase in Complex with a Fatty Acid: Insights into Substrate-Recognition and Reactivity toward Molecular Oxygen.
著者: Tokuoka, K. / Nakajima, Y. / Hirotsu, K. / Miyahara, I. / Nishina, Y. / Shiga, K. / Tamaoki, H. / Setoyama, C. / Tojo, H. / Miura, R.
履歴
登録2006年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7863
ポリマ－74,7851
非ポリマー1,0022
水6,251347
1
A: Acyl-CoA oxidase
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5736
ポリマ－149,5692
非ポリマー2,0044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area14230 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area45550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.500, 103.200, 161.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by two fold axis: x, -y, 1-z

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA oxidase


分子量: 74784.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07872, acyl-CoA oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HXD / (3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / 3-OH-DODECANOATE / (R)-3-ヒドロキシドデカン酸


分子量: 216.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG8000, 2.0M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月17日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 43970 / Num. obs: 43441 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IS2

1is2


解像度: 2.07→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 4287 9.7 %RAMDOM
Rwork0.199 ---
obs-42480 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 47.901 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 16.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.778 Å20 Å20 Å2
2--2.371 Å20 Å2
3---4.407 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4926 0 68 347 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2FAD.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4DRG.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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