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- PDB-2ddb: Crystal structure of pseudecin from Pseudechis porphyriacus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ddb
タイトルCrystal structure of pseudecin from Pseudechis porphyriacus
要素Pseudecin
キーワードTOXIN / CRISP / snake venom / CNG channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain ...Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain / ShKT domain profile. / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Cysteine-rich venom protein pseudecin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudechis porphyriacus (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Suzuki, N. / Yamazaki, Y. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Mizuno, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structures of pseudechetoxin and pseudecin, two snake-venom cysteine-rich secretory proteins that target cyclic nucleotide-gated ion channels: implications for movement of the C- ...タイトル: Structures of pseudechetoxin and pseudecin, two snake-venom cysteine-rich secretory proteins that target cyclic nucleotide-gated ion channels: implications for movement of the C-terminal cysteine-rich domain
著者: Suzuki, N. / Yamazaki, Y. / Brown, R.L. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Mizuno, H.
履歴
登録2006年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudecin
B: Pseudecin
C: Pseudecin
D: Pseudecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,10035
ポリマ－94,4894
非ポリマー1,61131
水12,989721
1
A: Pseudecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,24412
ポリマ－23,6221
非ポリマー62111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pseudecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7374
ポリマ－23,6221
非ポリマー1153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pseudecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,10611
ポリマ－23,6221
非ポリマー48310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pseudecin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0148
ポリマ－23,6221
非ポリマー3917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.707, 61.668, 251.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pseudecin / Channel blocker


分子量: 23622.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudechis porphyriacus (コブラ) / 組織: venom / 参照: UniProt: Q8AVA3
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.6M sodium formate, 10%(w/v) glycerol, 0.15M NaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 74335 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7454 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WVR

1wvr


解像度: 1.9→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 3.842 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3745 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 ---
obs-74329 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 103 721 7356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9349223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4895828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54223.333282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.095151132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2731538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.23190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24616
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5811.54214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07826740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53732776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4454.52483
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 271 -
Rwork0.267 5212 -
obs-5483 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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