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万見
- PDB-2dd9: A mutant of GFP-like protein from Chiridius poppei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dd9
タイトルA mutant of GFP-like protein from Chiridius poppei
要素green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / GFP-LIKE PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Chiridius poppei (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suto, K. / Masuda, H. / Takenaka, Y. / Mizuno, H.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2009
タイトル: Structural basis for red-shifted emission of a GFP-like protein from the marine copepod Chiridius poppei
著者: Suto, K. / Masuda, H. / Takenaka, Y. / Tsuji, F.I. / Mizuno, H.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: green fluorescent protein
B: green fluorescent protein
C: green fluorescent protein
D: green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,47710
ポリマ－98,3354
非ポリマー1,1426
水8,809489
1
A: green fluorescent protein
B: green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0887
ポリマ－49,1682
非ポリマー9215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
2
C: green fluorescent protein
D: green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3893
ポリマ－49,1682
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.750, 113.990, 133.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
green fluorescent protein / Yellowish-green fluorescent protein


分子量: 24583.820 Da / 分子数: 4 / 変異: H52T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chiridius poppei (甲殻類) / プラスミド: pET-101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MHN7
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GLY 55, TYR 56 AND GLY 57 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (CR2 56).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1M CAPS (pH 10.5), 2.6M Ammonium sulfate, 0.2M Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日
放射モノクロメーター: SILICON (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 74303 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2721110.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3759 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 74206 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.8139 Å2 / ksol: 0.390465 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----1.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6876 0 71 489 7436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 642 5.3 %
Rwork0.192 11537 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4GYG.paramGYG.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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