PDB-2dd6: Solution structure of Dermaseptin antimicrobial peptide truncated...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dd6

タイトル

Solution structure of Dermaseptin antimicrobial peptide truncated, mutated analog, K4-S4(1-13)a

要素

Dermaseptin-4

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) /

alpha helix (Αヘリックス)

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Dermaseptin-S4

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Distance geometry,

simulated annealing

データ登録者

Shalev, D.E. / Rotem, S. / Fish, A. / Mor, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Consequences of N-acylation on structure and membrane binding properties of dermaseptin derivative k4-s4-(1-13)
著者: Shalev, D.E. / Rotem, S. / Fish, A. / Mor, A.

履歴

登録	2006年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dd6.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dd6.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2dd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2dd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dcxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ldc-d 1sbu-d 2nor-d 1le0-d 2md4-d 5t1m-3 2mfv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dermaseptin-4

1.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 50	structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Dermaseptin-4 / DS IV 分子量: 1513.973 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-13 / 変異: M4K / 由来タイプ: 合成詳細: This is a truncated, mutated, amidated sequence that occurs naturally in frog skin secretions. 参照: UniProt: P80280

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: Peptide concentration 2.2mM natural abundance; 20:1 molar ratio of DPC-d38 to peptide; 10% phosphate buffer; 10% D2O; 0.02% NaN3 溶媒系: 10% phosphate buffer; 10% D2O; 0.02% NaN3 in triple distilled water
試料状態	イオン強度: 78 mM / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
XwinNMR	3.1	Bruker	解析
Sparky	3	Goddard and Kneller, UCSF	データ解析
X-PLOR	3.856	Nilges, Kuszewski, Brnger	構造決定
Procheck		Laskowski, Rullmannn, MacArthur, Kaptein, Thornton	データ解析
X-PLOR	3.856	Nilges, Kuszewski, Brnger	精密化

精密化

手法: Distance geometry,

simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 250 restraints comprising: 83 intraresidual; 78 i,i+1; 34 i,i+2; 37 i,i+3; 18 long range

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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