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万見
- PDB-2dd5: Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dd5
タイトルThiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native holo-enzyme
要素(Thiocyanate hydrolase ...) x 3
キーワードHYDROLASE / cobalt / metalloprotein / sulfenic acid / sulfinic acid / nitrile hydratase / thiocyanate / carbonyl sulfide / claw setting / protein / enzyme / complex / model complex / non-corrin
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate hydrolase / thiocyanate hydrolase activity / thiocyanate catabolic process / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit ...Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / Thiocyanate hydrolase subunit beta / Thiocyanate hydrolase subunit alpha / Thiocyanate hydrolase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus thioparus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arakawa, T. / Kawano, Y. / Kataoka, S. / Katayama, Y. / Kamiya, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of thiocyanate hydrolase: a new nitrile hydratase family protein with a novel five-coordinate cobalt(III) center.
著者: Arakawa, T. / Kawano, Y. / Kataoka, S. / Katayama, Y. / Kamiya, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
B: Thiocyanate hydrolase beta subunit
C: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
D: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
E: Thiocyanate hydrolase beta subunit
F: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
G: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
H: Thiocyanate hydrolase beta subunit
I: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
J: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
K: Thiocyanate hydrolase beta subunit
L: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,15728
ポリマ－240,76912
非ポリマー1,38816
水39,4532190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75870 Å2
ΔGint-640 kcal/mol
Surface area61890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.187, 170.187, 282.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a dodecamer as in this record and four equivalent catalytic centers are contained in a molecule.

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要素

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Thiocyanate hydrolase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Thiocyanate hydrolase alpha subunit / SCNase alpha subunit


分子量: 14507.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thiobacillus thioparus (バクテリア) / 株: THI 115 / 参照: UniProt: O66187, thiocyanate hydrolase
#2: タンパク質
Thiocyanate hydrolase beta subunit / SCNase beta subunit


分子量: 18065.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thiobacillus thioparus (バクテリア) / 株: THI 115 / 参照: UniProt: O66186, thiocyanate hydrolase
#3: タンパク質
Thiocyanate hydrolase gamma subunit / SCNase gamma subunit containing cobalt centers


分子量: 27619.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thiobacillus thioparus (バクテリア) / 株: THI 115 / 参照: UniProt: O66188, thiocyanate hydrolase

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非ポリマー , 3種, 2206分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, direct water cooling using micro-channel (1st crystal), indirect water cooling (2nd crystal)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 278076 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DD4

2dd4


解像度: 2→37.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 1020293.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 27732 10.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 275249 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5731 Å2 / ksol: 0.400868 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15708 0 64 2190 17962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 4598 10.2 %
Rwork0.215 40497 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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