[日本語] English
万見
- PDB-2dd4: Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus recomb... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dd4
タイトルThiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus recombinant apo-enzyme
要素(Thiocyanate hydrolase ...) x 3
キーワードHYDROLASE / cobalt / metalloprotein / sulfenic acid / sulfinic acid / nitrile hydratase / thiocyanate / carbonyl sulfide / claw setting / protein / enzyme / complex / model complex / non-corrin
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate hydrolase / thiocyanate hydrolase activity / thiocyanate catabolic process / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit ...Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / L(+)-TARTARIC ACID / Thiocyanate hydrolase subunit beta / Thiocyanate hydrolase subunit alpha / Thiocyanate hydrolase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus thioparus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Arakawa, T. / Kawano, Y. / Kataoka, S. / Katayama, Y. / Kamiya, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of thiocyanate hydrolase: a new nitrile hydratase family protein with a novel five-coordinate cobalt(III) center.
著者: Arakawa, T. / Kawano, Y. / Kataoka, S. / Katayama, Y. / Kamiya, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年7月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
B: Thiocyanate hydrolase beta subunit
C: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
D: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
E: Thiocyanate hydrolase beta subunit
F: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
G: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
H: Thiocyanate hydrolase beta subunit
I: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
J: Thiocyanate hydrolase alpha subunit
K: Thiocyanate hydrolase beta subunit
L: Thiocyanate hydrolase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,21828
ポリマ－240,57712
非ポリマー2,64216
水39,8492212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area78040 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area61220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.307, 175.602, 114.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dodecamer as in this record and four equivalent catalytic centers are contained in a molecule.

-
要素

-
Thiocyanate hydrolase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Thiocyanate hydrolase alpha subunit / SCNase alpha subunit


分子量: 14507.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66187, thiocyanate hydrolase
#2: タンパク質
Thiocyanate hydrolase beta subunit / SCNase beta subunit


分子量: 18065.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66186, thiocyanate hydrolase
#3: タンパク質
Thiocyanate hydrolase gamma subunit / SCNase gamma subunit


分子量: 27571.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66188, thiocyanate hydrolase

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 2220分子

#5: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5M Na/K Tartrate, 0.1M Potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B11
シンクロトロンSPring-8 BL44B221.2145, 1.2150, 1.2227
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年11月10日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年11月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
21-m-long platinum-coated bent-cylinder mirror with a fix-exit double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.21451
31.2151
41.22271
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 222000 / Num. obs: 213749 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.06→32.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 217043.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 20227 9.9 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 203583 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5341 Å2 / ksol: 0.396558 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.26 Å20 Å20 Å2
2--4.67 Å20 Å2
3----0.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15689 0 176 2212 18077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1486 9.5 %
Rwork0.185 14201 -
obs--41 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2fructose.paramfructose.top
X-RAY DIFFRACTION3tartric_acid.paramtartric_acid.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る