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万見
- PDB-2dco: S1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dco
タイトルS1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic
要素S1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic
キーワードMEMBRANE PROTEIN / coiled coil / disulfide / helix-turn-helix / 3-10 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane curvature sensor activity / sphingosine-1-phosphate receptor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / GTP-dependent protein binding / protein localization to phagophore assembly site / ruffle organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of metabolic process ...membrane curvature sensor activity / sphingosine-1-phosphate receptor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / GTP-dependent protein binding / protein localization to phagophore assembly site / ruffle organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of metabolic process / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / mitophagy / ruffle / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / G protein-coupled receptor activity / phospholipid binding / small GTPase binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynapse / actin cytoskeleton organization / cell cortex / G alpha (i) signalling events / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / lipid binding / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EDG-6 sphingosine 1-phosphate receptor / Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Sphingosine 1-phosphate receptor / AH/BAR domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...EDG-6 sphingosine 1-phosphate receptor / Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Sphingosine 1-phosphate receptor / AH/BAR domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine 1-phosphate receptor 4 / Arfaptin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, matrix relaxation, torsion angle dynamics, energy minimization
データ登録者Pham, T.C.T. / Kriwacki, R.W. / Parrill, A.L.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2007
タイトル: Peptide design and structural characterization of a GPCR loop mimetic
著者: Pham, T.C.T. / Kriwacki, R.W. / Parrill, A.L.
履歴
登録2006年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8911
ポリマ－3,8911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1extended first helix

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要素

#1: タンパク質・ペプチド S1P4 First Extracellular Loop Peptidomimetic / Arfaptin-2 / ADP-ribosylation factor-interacting protein 2 / Partner of RAC1 / Protein ...Arfaptin-2 / ADP-ribosylation factor-interacting protein 2 / Partner of RAC1 / Protein POR1phingosine 1-phosphate receptor Edg-6 / S1P receptor Edg-6 / Endothelial differentiation G-protein coupled receptor 6 / Sphingosine 1-phosphate receptor 4 / S1P4


分子量: 3891.223 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Loop 1 / 変異: L10C/A28C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This protein is a fusion protein. Residues 13-26 and 29-30 are from the first extracellular loop of S1P4 receptor. The rest, residues 3-12, 27-28, and 31-34 are from Arfatin (PDB entry 1I49) ...詳細: This protein is a fusion protein. Residues 13-26 and 29-30 are from the first extracellular loop of S1P4 receptor. The rest, residues 3-12, 27-28, and 31-34 are from Arfatin (PDB entry 1I49) segments 139-148, 164-164, 168-171 of 1I49 that we designed to be in the sequence.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S1P4 / プラスミド: pET-32a, CCE1a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53365, UniProt: O95977
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2123D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM CCE1a U-15N; 10mM phosphate buffer pH 6; 20% TFE-d3, 0.025% NaN320% TFE-d3
23mM CCE1a U-15N,13C; 10mM phosphate buffer pH 6; 20% TFE-d3, 0.025% NaN320% TFE-d3
試料状態イオン強度: 0.06 mol/kg / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3.1Delaglio解析
Felix98Accelerysデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
ARIA1.2Linge精密化
Amber8Case精密化
精密化手法: simulated annealing, matrix relaxation, torsion angle dynamics, energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 748 NOE-derived distance constraints
代表構造選択基準: extended first helix
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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