PDB-2dci: NMR structure of influenza HA fusion peptide mutant W14A in DPC in pH5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dci

タイトル

NMR structure of influenza HA fusion peptide mutant W14A in DPC in pH5

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / HA / fusion peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Tamm, L.K. / Lai, A.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Fusion peptide of influenza hemagglutinin requires a fixed angle boomerang structure for activity
著者: Lai, A.L. / Park, H. / White, J.M. / Tamm, L.K.

履歴

登録	2006年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dci.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dci.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dci	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ibn 1ibo 1xoo 1xop
類似構造データ	427d-d 2mj1-d 1d33-d 277d-d 2pjv-d 1qda-d 151d-d 2mzl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

1.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	33 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Hemagglutinin / Influenza hemagglutinin fusion peptide 分子量: 1939.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Derived from the influenza (X11) hemagglutinin HA2, residue 1-20 except the 14th residue W was replaced with A. 参照: UniProt: P11134

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM peptide, 400mM d38-DPC, 5mM dtt, 20 mMd4-acetic acid, pH 5; 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software	名称: OPAL 開発者: Luginbuhl, P., Guntert, P., Billeter, M. & Wuthrich K. 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 33

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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