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- PDB-2dc3: Crystal structure of human cytoglobin at 1.68 angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dc3
タイトルCrystal structure of human cytoglobin at 1.68 angstroms resolution
要素Cytoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / cytoglobin / myoglobin / heme / oxygen transport / oxygen storage / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity ...fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / fatty acid oxidation / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / eNOS activation / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / response to oxidative stress / response to hypoxia / oxidoreductase activity / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Makino, M. / Sugimoto, H. / Sawai, H. / Kawada, N. / Yoshizato, K. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: High-resolution structure of human cytoglobin: identification of extra N- and C-termini and a new dimerization mode.
著者: Makino, M. / Sugimoto, H. / Sawai, H. / Kawada, N. / Yoshizato, K. / Shiro, Y.
履歴
登録2005年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoglobin
B: Cytoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7255
ポリマ－43,4322
非ポリマー1,2933
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.53, 52.76, 83.44
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 87.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1291-

HOH

21A-1346-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Cytoglobin / Histoglobin / HGb / Stellate cell activation-associated protein


分子量: 21715.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Bacteria / 遺伝子: CYGB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WWM9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4M sodium acetate, 100mM sodium cacodylate, 5mM KCN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 39043 / Num. obs: 39043 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.64 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.92
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 3849 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V5H

1v5h


解像度: 1.68→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.377 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1927 4.9 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.142 37014 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20.3 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 86 269 3126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5582.0424039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8936168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6775355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0623.643129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76815490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.241519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.22695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3150.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9731.52270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6051.5696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21522849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.51631428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7514.51186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.25936814
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.6713265
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.63835517
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 135 -
Rwork0.128 2626 -
obs-3849 97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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