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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dbi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Hypothetical Protein JW0805 from Escherichia coli | ||||||
要素 | Hypothetical protein ybiU | ||||||
キーワード | Structural genomics / unknown function / alpha/beta structure / hypothetical protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Gig2-like / Gig2-like / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized protein YbiU 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Ihsanawati / Murayama, K. / Bessho, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Protein JW0805 from Escherichia coli 著者: Ihsanawati / Murayama, K. / Bessho, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dbi.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dbi.ent.gz | 79.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dbi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2dbnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51920.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: PX050510-04 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: P75791 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris pH5.5, 25% PEG 3350, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32097 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 6.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 36.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2DBN 解像度: 2.05→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3570523.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.7085 Å2 / ksol: 0.362091 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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