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- PDB-2db3: Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2db3
タイトルStructural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase vasa
キーワードHYDROLASE/RNA / DEAD-BOX / HELICASE / PROTEIN-RNA COMPLEX / ATPase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior cell cortex / secondary piRNA processing / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / oogenesis / germ cell development / intracellular protein localization / cell differentiation / RNA helicase activity ...posterior cell cortex / secondary piRNA processing / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / oogenesis / germ cell development / intracellular protein localization / cell differentiation / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / ATP-dependent RNA helicase vasa
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sengoku, T. / Nureki, O. / Nakamura, A. / Kobayashi, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa.
著者: Sengoku, T. / Nureki, O. / Nakamura, A. / Kobayashi, S. / Yokoyama, S.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the helicase domains of Vasa complexed with RNA and an ATP analogue
著者: Sengoku, T. / Nureki, O. / Dohmae, N. / Nakamura, A. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
F: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
G: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
H: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: ATP-dependent RNA helicase vasa
B: ATP-dependent RNA helicase vasa
C: ATP-dependent RNA helicase vasa
D: ATP-dependent RNA helicase vasa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,54916
ポリマ－205,4278
非ポリマー2,1228
水23,7621319
1
E: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
A: ATP-dependent RNA helicase vasa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8874
ポリマ－51,3572
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
B: ATP-dependent RNA helicase vasa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8874
ポリマ－51,3572
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
C: ATP-dependent RNA helicase vasa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8874
ポリマ－51,3572
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
D: ATP-dependent RNA helicase vasa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8874
ポリマ－51,3572
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.050, 142.331, 130.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
ATP-dependent RNA helicase vasa / Vasa protein / Antigen Mab46F11


分子量: 48340.129 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 200-623 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: VASA / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: P09052, EC: 3.6.1.3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.1260.2
2
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ADA pH 6.5, 0.1M Li2SO4, 1-2% isopropyl alcohol, 69mM Cymal-3, 9-12% PEG4000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ADA11
2Li2SO411
3isopropyl alcohol11
4Cymal-311
5PEG400011
6H2O11
7ADA12
8Li2SO412
9PEG400012
10H2O12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.912
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9794, 0.9796, 0.9840, 0.9710
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年2月22日
MARRESEARCH2CCD2003年2月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9121
20.97941
30.97961
40.9841
50.9711
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 117511 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2369677.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 11749 10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 117457 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.23 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1 Å20 Å22.2 Å2
2--8.11 Å20 Å2
3----4.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13184 488 128 1319 15119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 1761 10.2 %
Rwork0.283 15530 -
obs--79.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ANP.PARAMANP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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