PDB-2daf: Solution Structure of the Novel Identified Ubiquitin-like Domain ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2daf

タイトル

Solution Structure of the Novel Identified Ubiquitin-like Domain in the Human Hypothetical Protein FLJ35834

要素

FLJ35834 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein FLJ35834 / ubiquitin-like domain / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

radial spoke / mating / 9+2 motile cilium / flagellated sperm motility / motile cilium / smoothened signaling pathway / cilium assembly / sperm flagellum / acrosomal vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Zhao, C. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the Novel Identified Ubiquitin-like Domain in the Human Hypothetical Protein FLJ35834
著者: Zhao, C. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2daf.cif.gz	709.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2daf.ent.gz	596 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2daf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2daf_validation.pdf.gz	344.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2daf_full_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示
XML形式データ	2daf_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	2daf_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2daf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2daf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wi8-d 1hpw-d 4u8t-4 1wnj-d 2rqc-d 6tyx-2 1ipb-d 4dt6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002026853.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FLJ35834 protein

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	FLJ35834 protein 分子量: 12818.606 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: FLJ35834 / プラスミド: P050125-04 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q6NUH6, UniProt: Q8NA54*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.29mM ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9321	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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