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- PDB-2d9s: Solution structure of RSGI RUH-049, a UBA domain from mouse cDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d9s
タイトルSolution structure of RSGI RUH-049, a UBA domain from mouse cDNA
要素CBL E3 ubiquitin protein ligase
キーワードLIGASE / UBA domain / dimer / protein binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mast cell granule / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Regulation of KIT signaling / Interleukin-6 signaling / : / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling ...: / mast cell granule / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Regulation of KIT signaling / Interleukin-6 signaling / : / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / : / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / cellular response to oxygen-glucose deprivation / regulation of Rap protein signal transduction / Regulation of signaling by CBL / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / epidermal growth factor receptor binding / mast cell degranulation / response to testosterone / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to starvation / protein monoubiquitination / bone resorption / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine kinase binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to activity / response to gamma radiation / RING-type E3 ubiquitin transferase / cilium / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / protein polyubiquitination / male gonad development / ubiquitin protein ligase activity / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / membrane raft / axon / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Hamada, T. / Hirota, H. / Lin, Y.-J. / Guntert, P. / Kurosaki, C. / Izumi, K. / Yoshida, M. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-049, a UBA domain from mouse cDNA
著者: Hamada, T. / Lin, Y.-J. / Kurosaki, C. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Hayashi, F. / Muto, Y. / Izumi, K. / Yoshida, M. / Akasaka, R. / Kukimoto, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / ...著者: Hamada, T. / Lin, Y.-J. / Kurosaki, C. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Hayashi, F. / Muto, Y. / Izumi, K. / Yoshida, M. / Akasaka, R. / Kukimoto, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Guntert, P. / Yokoyama, S. / Hirota, H.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBL E3 ubiquitin protein ligase
B: CBL E3 ubiquitin protein ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3592
ポリマ－11,3592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CBL E3 ubiquitin protein ligase / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto- oncogene


分子量: 5679.253 Da / 分子数: 2 / 断片: UBA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: Cbl / プラスミド: P041108-06
参照: UniProt: P22682, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1323D 13C F1-filtered F3-edited NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using 3D NMR techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM UBA domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN390% H2O/10% D2O
21.2mM UBA domain U-15N, 13C; 1.2mM UBA domain; 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3100% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
JEOL ECAJEOLECA7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Delta NMR4.3JEOLcollection
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe20031121Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B. A.データ解析
KUJIRA0.9295Kobayashi, N.データ解析
CYANA2.2.1Guntert, P. et al.構造決定
OPALp1.4Koradi, R., Billeter, M., Guntert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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