PDB-2d9a: Solution Structure of RSGI RUH-050, a myb DNA-binding domain in m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d9a

タイトル

Solution Structure of RSGI RUH-050, a myb DNA-binding domain in mouse cDNA

要素

Myb-related protein B

キーワード

TRANSCRIPTION / DNA BINDING / Structural genomics / unknown function / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Myb complex / mitotic spindle assembly / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Doi-Katayama, Y. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-050, a myb DNA-binding domain in mouse cDNA
著者: Doi-Katayama, Y. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d9a.cif.gz	338.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d9a.ent.gz	282.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kmr-d 6fkp-4 1rlq-d 4rty-d 6t6e-d 2czs-2 6fkp-1 6if4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt008000525.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Myb-related protein B

6.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Myb-related protein B / B-Myb / RSGI RUH-050 / a myb DNA-binding domain 分子量: 6918.600 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis(E. coli) / 遺伝子: NP032678 / プラスミド: P050425-03 / 参照: UniProt: P48972

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.02mM myb DNA-binding domain U15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9315	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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