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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d9a | ||||||
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タイトル | Solution Structure of RSGI RUH-050, a myb DNA-binding domain in mouse cDNA | ||||||
要素 | Myb-related protein BMYBL2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Myb complex / mitotic spindle assembly / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding ...Myb complex / mitotic spindle assembly / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Doi-Katayama, Y. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-050, a myb DNA-binding domain in mouse cDNA 著者: Doi-Katayama, Y. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d9a.cif.gz | 338.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d9a.ent.gz | 282.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d9a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6918.600 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis(E. coli) / 遺伝子: NP032678 / プラスミド: P050425-03 / 参照: UniProt: P48972 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.02mM myb DNA-binding domain U15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |