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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d94 | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE CONFORMATION OF THE DNA DOUBLE HELIX IN THE CRYSTAL IS DEPENDENT ON ITS ENVIRONMENT | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Shakked, Z. / Guerstein-Guzikevich, G. / Eisenstein, M. / Frolow, F. / Rabinovich, D. | 引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: The conformation of the DNA double helix in the crystal is dependent on its environment. 著者: Shakked, Z. / Guerstein-Guzikevich, G. / Eisenstein, M. / Frolow, F. / Rabinovich, D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Structures of the Mismatched Duplex d(GGGTGCCC) and One of Its Watson-Crick Analogues d(GGGCGCCC) 著者: Rabinovich, D. / Haran, T. / Eisenstein, M. / Shakked, Z. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d94.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d94.ent.gz | 8.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d94_validation.pdf.gz | 311.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d94_full_validation.pdf.gz | 315.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d94_validation.xml.gz | 1.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d94_validation.cif.gz | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 292.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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検出器 | タイプ: NONIUS CAD4 / 検出器: CCD |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 2027 / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. reflection obs: 2027 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.162 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |