PDB-2d8h: Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d8h

タイトル

Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1

要素

SH3YL1 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SH3 domain / Hypothetical protein SH3YL1 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of ruffle assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatase binding / phosphatidylinositol binding / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Qin, X.R. / Nagasima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
著者: Qin, X.R. / Nagasima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d8h.cif.gz	453.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d8h.ent.gz	380.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2d8h_validation.pdf.gz	342.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2d8h_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	2d8h_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	2d8h_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gkh-d 2m8h-d 1vqg-d 1vqe-d 1vqc-d 2c34-d 3lfk-4 1ae3-d 1vqj-d 1vqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002007134.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SH3YL1 protein

8.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	SH3YL1 protein 分子量: 8595.269 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: SH3YL1 / プラスミド: P050425-18 / 参照: GenBank: 14249975, UniProt: Q96HL8*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.19mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9296	Kobayashi, N	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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