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万見
- PDB-2d82: Target Structure-Based Discovery of Small Molecules that Block Hu... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2d82
タイトルTarget Structure-Based Discovery of Small Molecules that Block Human p53 and CREB Binding Protein (CBP) Association
要素CREB-binding protein
キーワードTRANSFERASE / Bromodomain / CREB / CBP / p53 / Chemical Ligand / 9-Acetyl-2 / 3 / 4 / 9-tetrahydro-carbazol-1-one
機能・相同性
機能・相同性情報


protein N-acetyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes ...protein N-acetyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / embryonic digit morphogenesis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / protein-lysine-acetyltransferase activity / protein acetylation / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone acetyltransferase complex / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / Attenuation phase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to nutrient levels / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Heme signaling / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1 / Evasion by RSV of host interferon responses / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / chromatin DNA binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Pre-NOTCH Transcription and Translation / tau protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / rhythmic process / : / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
9-ACETYL-2,3,4,9-TETRAHYDRO-1H-CARBAZOL-1-ONE / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance Geometry, Simulated Annealing
データ登録者Sachchidanand / Resnick-Silverman, L. / Yan, S. / Mujtaba, S. / Liu, W.J. / Zeng, L. / Manfredi, J.J. / Zhou, M.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Target structure-based discovery of small molecules that block human p53 and CREB binding protein association
著者: Sachchidanand / Resnick-Silverman, L. / Yan, S. / Mutjaba, S. / Liu, W.J. / Zeng, L. / Manfredi, J.J. / Zhou, M.M.
履歴
登録2005年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6462
ポリマ－14,4191
非ポリマー2271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein / CBP


分子量: 14418.547 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TTR / 9-ACETYL-2,3,4,9-TETRAHYDRO-1H-CARBAZOL-1-ONE


分子量: 227.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13NO2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPERATED NOESY, 3D 13C-SEPERATED TOCSY
1213D 13C-EDITED 13C/15N-Filtered NOESY
1323D HN(CA)CB, 3D HN(CO)CACB, 3D C(CO)NH
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5MM CBP BROMODOMAIN U-15N, 13C; 3.0MM CRB Ligand; 100MM PHOSPHATE BUFFER; PH 6.5100% D2O
20.5MM CBP BROMODOMAIN U-15N, 13C, 75% 2H; 3.0MM CRB Ligand; 100MM PHOSPHATE BUFFER; PH 6.590% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3F.Delaglio, S.Grzesiek, G.Vuister, G.Zhu, J.Pfeifer, A.Bax解析
NMRView5.0.4Bruce A.Johnsonデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
ARIA2M.Nilges, S.O'Donoghue精密化
精密化手法: Distance Geometry, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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